141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0424 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 361 aa  726    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4546  DNA polymerase III subunit delta  77.87 
 
 		 348 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4600  DNA polymerase III subunit delta  73.96 
 
 		 374 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0964  DNA polymerase III subunit delta  76.86 
 
 		 351 aa  531  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  77.68 
 
 		 348 aa  532  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  77.68 
 
 		 348 aa  531  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  75.5 
 
 		 354 aa  521  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6001  DNA polymerase III subunit delta  78.29 
 
 		 350 aa  517  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3769  DNA polymerase III subunit delta  73.11 
 
 		 367 aa  513  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0481  DNA polymerase III subunit delta  65.32 
 
 		 362 aa  445  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0216  DNA polymerase III subunit delta  65.83 
 
 		 363 aa  441  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.533896  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  55.43 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  55.07 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  55.07 
 
 		 372 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  55.19 
 
 		 364 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  55.19 
 
 		 364 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  55.46 
 
 		 364 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  59.13 
 
 		 364 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  54.64 
 
 		 364 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  59.13 
 
 		 364 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  54.22 
 
 		 372 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  59.13 
 
 		 364 aa  349  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  53.89 
 
 		 358 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  53.61 
 
 		 358 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  53.2 
 
 		 358 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  51.83 
 
 		 352 aa  325  9e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  51.54 
 
 		 356 aa  322  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  47.89 
 
 		 353 aa  300  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0256  DNA polymerase III, delta subunit  47.73 
 
 		 353 aa  298  7e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  45.66 
 
 		 335 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  44.06 
 
 		 338 aa  266  5e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  46.55 
 
 		 338 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  45.66 
 
 		 336 aa  238  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  40.5 
 
 		 345 aa  235  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  41.21 
 
 		 342 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  40.86 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  40.86 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  40.57 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  40.57 
 
 		 351 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  40.18 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  40.49 
 
 		 345 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  41.14 
 
 		 345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  42.12 
 
 		 346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  43.52 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  39.71 
 
 		 345 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  37.28 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  34.01 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  39.5 
 
 		 344 aa  197  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  39 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  35.47 
 
 		 344 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  39.93 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  34.01 
 
 		 337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  33.82 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  34.87 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  33.82 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1205  DNA polymerase III subunit delta  33.14 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  36.03 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1378  DNA polymerase III subunit delta  35.67 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.212433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  35.78 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2910  DNA polymerase III subunit delta  37.83 
 
 		 345 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  31.6 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0988  DNA polymerase III subunit delta  28.29 
 
 		 345 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2960  DNA polymerase III subunit delta  31.69 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01876  DNA polymerase III subunit delta  35.16 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.84431  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1742  DNA polymerase III, delta subunit  35.73 
 
 		 335 aa  153  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.260854  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  34.18 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  30.91 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  29.57 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  29.27 
 
 		 343 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2130  DNA polymerase III, delta subunit  36.91 
 
 		 358 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0903224 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01220  DNA polymerase III subunit delta  31.34 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  28.96 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3146  DNA polymerase III subunit delta  30.52 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  31.55 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1185  DNA polymerase III subunit delta  30.23 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  28.96 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00609  DNA polymerase III subunit delta  31.69 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0200544  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004219  DNA polymerase III delta subunit  30.26 
 
 		 339 aa  143  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00302346  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00598  hypothetical protein  31.69 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0206116  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0666  DNA polymerase III subunit delta  31.69 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000205044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  28.66 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1189  DNA polymerase III, delta subunit  26.89 
 
 		 331 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.332691 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2986  DNA polymerase III, delta subunit  31.4 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0729  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000331026  normal  0.281474 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0692  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000216936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0660  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000888397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2928  DNA polymerase III subunit delta  30.18 
 
 		 344 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1844  DNA polymerase III subunit delta  30.18 
 
 		 344 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3017  DNA polymerase III subunit delta  30.18 
 
 		 344 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0336067  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0611  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000798532  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  32.62 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>