156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2931 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 343 aa  691    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3481  DNA-directed DNA polymerase  71.72 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000216936  unclonable  0.0000000000757173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  70.85 
 
 		 346 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  67.84 
 
 		 343 aa  474  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  67.54 
 
 		 343 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  67.25 
 
 		 343 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  66.96 
 
 		 343 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  66.08 
 
 		 343 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  65.5 
 
 		 343 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  65.5 
 
 		 343 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  65.79 
 
 		 343 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  63.74 
 
 		 344 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3145  DNA polymerase III, delta subunit  67.84 
 
 		 343 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000700325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  66.37 
 
 		 343 aa  451  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0795  DNA polymerase III, delta subunit  65.01 
 
 		 343 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.239391  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  62.31 
 
 		 342 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  41.74 
 
 		 340 aa  249  7e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  40 
 
 		 320 aa  229  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  38.51 
 
 		 345 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  38.51 
 
 		 345 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  38.21 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  37.91 
 
 		 351 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  37.61 
 
 		 345 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  37.13 
 
 		 345 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  36.99 
 
 		 354 aa  206  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  37.91 
 
 		 345 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004219  DNA polymerase III delta subunit  35.56 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00302346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2960  DNA polymerase III subunit delta  38.21 
 
 		 343 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01220  DNA polymerase III subunit delta  35.24 
 
 		 339 aa  202  9e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  35.44 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  33.84 
 
 		 338 aa  199  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  37.62 
 
 		 345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0988  DNA polymerase III subunit delta  34.65 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  36.99 
 
 		 345 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  36.59 
 
 		 352 aa  196  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1205  DNA polymerase III subunit delta  36.06 
 
 		 344 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  36.16 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  35.69 
 
 		 375 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1185  DNA polymerase III subunit delta  38.81 
 
 		 341 aa  192  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1174  DNA polymerase III subunit delta  37.01 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.874565  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3146  DNA polymerase III subunit delta  38.21 
 
 		 341 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  36.01 
 
 		 364 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2986  DNA polymerase III, delta subunit  37.27 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1096  DNA polymerase III subunit delta  38.51 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0692  DNA polymerase III subunit delta  37.58 
 
 		 343 aa  189  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000216936  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0689  DNA polymerase III subunit delta  37.61 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00596065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0703  DNA polymerase III subunit delta  37.61 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0770621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  37.61 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  35.74 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0749  DNA polymerase III subunit delta  37.61 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0941717  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00609  DNA polymerase III subunit delta  37.27 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0200544  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00598  hypothetical protein  37.27 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0206116  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0666  DNA polymerase III subunit delta  37.27 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000205044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0729  DNA polymerase III subunit delta  36.97 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000331026  normal  0.281474 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0806  DNA polymerase III subunit delta  37.31 
 
 		 343 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0660  DNA polymerase III subunit delta  36.97 
 
 		 343 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000888397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0611  DNA polymerase III subunit delta  36.97 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000798532  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  33.04 
 
 		 342 aa  182  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  36.23 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  34.63 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  32.67 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  34.85 
 
 		 338 aa  182  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3005  DNA polymerase III subunit delta  36.97 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00124747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  33.22 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1189  DNA polymerase III, delta subunit  32.83 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.332691 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3017  DNA polymerase III subunit delta  36.67 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0336067  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2928  DNA polymerase III subunit delta  36.67 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1844  DNA polymerase III subunit delta  36.67 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  34.22 
 
 		 348 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  35.96 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  34.28 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  33.23 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  33.86 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  33.22 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  33.45 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0256  DNA polymerase III, delta subunit  32.8 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  32.83 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  32.83 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  30.09 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  30.79 
 
 		 358 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  31.5 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  33.87 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  30.89 
 
 		 358 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1555  DNA polymerase III subunit delta  31.95 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0502343  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  32.32 
 
 		 354 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  32.12 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>