141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2986 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00609  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0200544  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2986  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 343 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0611  DNA polymerase III subunit delta  99.13 
 
 		 343 aa  682    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000798532  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0692  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  685    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000216936  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0666  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000205044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00598  hypothetical protein  99.42 
 
 		 343 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0206116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3005  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  683    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00124747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0660  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000888397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0729  DNA polymerase III subunit delta  99.42 
 
 		 343 aa  684    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000331026  normal  0.281474 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0689  DNA polymerase III subunit delta  89.8 
 
 		 343 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00596065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0749  DNA polymerase III subunit delta  89.8 
 
 		 343 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0941717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  89.8 
 
 		 343 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0703  DNA polymerase III subunit delta  89.8 
 
 		 343 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0770621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0806  DNA polymerase III subunit delta  89.5 
 
 		 343 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1174  DNA polymerase III subunit delta  87.46 
 
 		 343 aa  587  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.874565  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1205  DNA polymerase III subunit delta  72.89 
 
 		 344 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2960  DNA polymerase III subunit delta  70.47 
 
 		 343 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2928  DNA polymerase III subunit delta  71.72 
 
 		 344 aa  478  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1185  DNA polymerase III subunit delta  70.38 
 
 		 341 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1844  DNA polymerase III subunit delta  71.72 
 
 		 344 aa  478  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3017  DNA polymerase III subunit delta  71.72 
 
 		 344 aa  478  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0336067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3146  DNA polymerase III subunit delta  69.5 
 
 		 341 aa  473  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1096  DNA polymerase III subunit delta  71.05 
 
 		 343 aa  465  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01220  DNA polymerase III subunit delta  45.92 
 
 		 339 aa  312  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004219  DNA polymerase III delta subunit  44.41 
 
 		 339 aa  308  8e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00302346  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0476  DNA polymerase III subunit delta  49.55 
 
 		 342 aa  308  8e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.159232  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0233  DNA polymerase III subunit delta  51.05 
 
 		 345 aa  305  7e-82  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0988  DNA polymerase III subunit delta  46.85 
 
 		 345 aa  305  7e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1555  DNA polymerase III subunit delta  43.77 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0502343  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  39.71 
 
 		 343 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  39.42 
 
 		 343 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  39.42 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  39.42 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  39.13 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  39.13 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  38.84 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  38.84 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1189  DNA polymerase III, delta subunit  35.45 
 
 		 331 aa  209  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.725755  normal  0.332691 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  37.27 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  36.52 
 
 		 343 aa  202  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  33.84 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  38.62 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  34.4 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  35.59 
 
 		 345 aa  184  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  36.34 
 
 		 345 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  37.25 
 
 		 351 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  38.01 
 
 		 342 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  36.15 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3145  DNA polymerase III, delta subunit  37.39 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000700325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  35.93 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  34.19 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0795  DNA polymerase III, delta subunit  36.84 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.239391  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3481  DNA-directed DNA polymerase  35.05 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000216936  unclonable  0.0000000000757173 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  33.87 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  36.61 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  32.37 
 
 		 375 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  35.78 
 
 		 345 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  34.9 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  33.55 
 
 		 372 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  33.13 
 
 		 338 aa  169  7e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  33.87 
 
 		 364 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  33.55 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  35.61 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  33.55 
 
 		 364 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  33.23 
 
 		 364 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  33.23 
 
 		 364 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  33.23 
 
 		 364 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  33.82 
 
 		 342 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  33.22 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  33.55 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  31.73 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  32.02 
 
 		 335 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  34.05 
 
 		 345 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  28.78 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  35.33 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  31.83 
 
 		 358 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  33.9 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  33.74 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  28.9 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  29.48 
 
 		 354 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  31.65 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  31.33 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  30.55 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0481  DNA polymerase III subunit delta  30.59 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  29.43 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  31.66 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  31.66 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  29.9 
 
 		 356 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  29.79 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  29.97 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  32.84 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  30.03 
 
 		 334 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  28.4 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>