165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2130 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_2130  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 358 aa  699    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0903224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 351 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  42.9 
 
 		 345 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  42.31 
 
 		 345 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  42.6 
 
 		 351 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 344 aa  219  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  41.49 
 
 		 342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  42.31 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  41.51 
 
 		 345 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  42.6 
 
 		 345 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  43.2 
 
 		 345 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  40.57 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  36.39 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0542  DNA polymerase III subunit delta  37.73 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2451  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3449  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.785603  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0551  DNA polymerase III subunit delta  37.33 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0556298  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0368  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1227  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.859093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3413  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3448  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2638  DNA polymerase III subunit delta  39.81 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0577  DNA polymerase III subunit delta  37.33 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  38.92 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1213  DNA polymerase III subunit delta  39.49 
 
 		 362 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  39.26 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  37.78 
 
 		 358 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  38.17 
 
 		 352 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  37.22 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  37.93 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  36.75 
 
 		 358 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0623  DNA polymerase III subunit delta  36.75 
 
 		 364 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0173  DNA polymerase III subunit delta  36.75 
 
 		 364 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0656  DNA polymerase III subunit delta  36.75 
 
 		 364 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121282  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  37.2 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  36.94 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  40.24 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2157  DNA polymerase III, delta subunit  38.71 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3742  DNA polymerase III subunit delta  36.75 
 
 		 364 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0768215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  39.88 
 
 		 338 aa  176  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  36.93 
 
 		 372 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  35.88 
 
 		 344 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4600  DNA polymerase III subunit delta  36.02 
 
 		 374 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2730  DNA polymerase III subunit delta  38.54 
 
 		 364 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.969457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3769  DNA polymerase III subunit delta  36.96 
 
 		 367 aa  169  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  40.06 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  36.91 
 
 		 361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3378  DNA polymerase III subunit delta  37.62 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.930897  hitchhiker  0.00000000672182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1200  DNA polymerase III subunit delta  39.82 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.972787  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  34.03 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0964  DNA polymerase III subunit delta  38.68 
 
 		 351 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6001  DNA polymerase III subunit delta  38.68 
 
 		 350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0481  DNA polymerase III, delta subunit  32.4 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  32.76 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  32.44 
 
 		 342 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  37.11 
 
 		 348 aa  159  9e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  34.02 
 
 		 337 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  36.84 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0481  DNA polymerase III subunit delta  36.33 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0256  DNA polymerase III, delta subunit  33.55 
 
 		 353 aa  158  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  35.53 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0216  DNA polymerase III subunit delta  35.73 
 
 		 363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.533896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4546  DNA polymerase III subunit delta  37.74 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  31.73 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  31.5 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  31.5 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1378  DNA polymerase III subunit delta  32.7 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.212433  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  32.7 
 
 		 343 aa  143  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  30.46 
 
 		 343 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  29.97 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01876  DNA polymerase III subunit delta  34.97 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.84431  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1742  DNA polymerase III, delta subunit  37.42 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.260854  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  30.87 
 
 		 343 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  30.55 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  30.55 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  30.55 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2910  DNA polymerase III subunit delta  34.55 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  28.62 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  28.62 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  29.9 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  28.62 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  28.62 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  29.19 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00609  DNA polymerase III subunit delta  31.49 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0200544  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00598  hypothetical protein  31.49 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0206116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0729  DNA polymerase III subunit delta  31.56 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000331026  normal  0.281474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0666  DNA polymerase III subunit delta  31.49 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000205044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0692  DNA polymerase III subunit delta  31.14 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000216936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0660  DNA polymerase III subunit delta  31.49 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000888397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0703  DNA polymerase III subunit delta  33.88 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0770621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0762  DNA polymerase III subunit delta  33.88 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0749  DNA polymerase III subunit delta  33.88 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0941717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0689  DNA polymerase III subunit delta  33.88 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00596065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0806  DNA polymerase III subunit delta  33.88 
 
 		 343 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  34.15 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  34.15 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2986  DNA polymerase III, delta subunit  31.14 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2584  DNA-directed DNA polymerase  30.16 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000509755  normal  0.168307 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3005  DNA polymerase III subunit delta  31.83 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00124747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>