More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_0698 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
273 aa  556  1e-157  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  70.7 
 
 
273 aa  417  1e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  62.22 
 
 
278 aa  349  2e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  59.04 
 
 
272 aa  328  8e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  52.42 
 
 
275 aa  305  4.0000000000000004e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  52.75 
 
 
272 aa  275  4e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 
272 aa  274  1.0000000000000001e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 
272 aa  271  6e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 
273 aa  263  2e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 
272 aa  262  3e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  34.76 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 
304 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  32.71 
 
 
306 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.95 
 
 
301 aa  136  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.87 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.06 
 
 
311 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.06 
 
 
311 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
302 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
302 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
302 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  35.21 
 
 
302 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
311 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.8 
 
 
311 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  28.57 
 
 
293 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 
302 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  34.76 
 
 
299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
310 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
299 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  36.68 
 
 
291 aa  129  7.000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  33.78 
 
 
310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  33.78 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  31.8 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  33.78 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  38 
 
 
244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  30.66 
 
 
300 aa  125  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  31.22 
 
 
304 aa  125  7e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  30.19 
 
 
302 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  34.23 
 
 
289 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  31.13 
 
 
297 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 
310 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 
304 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 
304 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  32.92 
 
 
322 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  33.18 
 
 
304 aa  122  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  29.41 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  34.19 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  29.18 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  33.8 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  30.7 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  29.86 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0101  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 
235 aa  121  1.9999999999999998e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.374766  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  29.18 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  29.18 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
558 aa  120  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  33.01 
 
 
314 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 
293 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  33.94 
 
 
323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  29.67 
 
 
298 aa  119  7e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 
301 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 
299 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  34.42 
 
 
308 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  32.72 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  33.49 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  34.21 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  33.99 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  33.8 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  36.06 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  31.68 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  33.5 
 
 
363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  30.62 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  33.49 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  31.11 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  29.01 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  32.84 
 
 
299 aa  116  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
315 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 
308 aa  116  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  31.42 
 
 
297 aa  115  6e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  37 
 
 
295 aa  115  6e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  30.49 
 
 
313 aa  115  6e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 
307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 
307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  31.44 
 
 
301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  34.42 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  30.14 
 
 
289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  28.3 
 
 
308 aa  115  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  31.68 
 
 
318 aa  115  8.999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  34.67 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  31.16 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  32.67 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>