80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3371 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 227 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  78.41 
 
 		 227 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  77.88 
 
 		 226 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  76.65 
 
 		 227 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  72.69 
 
 		 229 aa  361  6e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 229 aa  359  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 229 aa  359  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  71.37 
 
 		 227 aa  357  9e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  72.69 
 
 		 229 aa  355  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 229 aa  353  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 227 aa  353  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  71.37 
 
 		 229 aa  352  2.9999999999999997e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 227 aa  350  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  73.57 
 
 		 229 aa  348  5e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  73.57 
 
 		 229 aa  346  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  75.11 
 
 		 226 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  73.13 
 
 		 229 aa  344  7e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  70.8 
 
 		 226 aa  343  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  71.37 
 
 		 227 aa  342  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  69.78 
 
 		 228 aa  343  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  67.7 
 
 		 226 aa  338  4e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  69.03 
 
 		 229 aa  338  4e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  69.6 
 
 		 227 aa  338  5e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  70.93 
 
 		 227 aa  338  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  69.16 
 
 		 227 aa  337  8e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  69.16 
 
 		 227 aa  336  1.9999999999999998e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  69.03 
 
 		 229 aa  336  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  72.12 
 
 		 229 aa  333  9e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  67.26 
 
 		 227 aa  323  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 		 226 aa  321  5e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  65.64 
 
 		 229 aa  318  6e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  68.72 
 
 		 227 aa  311  3.9999999999999997e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  63.84 
 
 		 234 aa  298  5e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  297  8e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 234 aa  294  7e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 234 aa  294  8e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 234 aa  293  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 234 aa  293  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 234 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 234 aa  292  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 234 aa  291  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 234 aa  290  9e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  61.16 
 
 		 234 aa  288  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  61.06 
 
 		 232 aa  288  6e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  61.16 
 
 		 234 aa  288  7e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  60.71 
 
 		 234 aa  287  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  57.33 
 
 		 234 aa  268  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  58.3 
 
 		 228 aa  268  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 		 229 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  49.33 
 
 		 261 aa  224  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  38.39 
 
 		 227 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  38.94 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  41.96 
 
 		 228 aa  178  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  34.91 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  33.18 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  34.23 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  34.1 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  32.72 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  33.64 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  33.18 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  33.8 
 
 		 217 aa  106  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  31.63 
 
 		 221 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  30.09 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  27.59 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  27.16 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  27.16 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  25.35 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  25.35 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  25.81 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  24.58 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  67.39 
 
 		 56 aa  66.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  23.67 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  23.95 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.11 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  20.4 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>