287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1859 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  86.45 
 
 		 369 aa  677    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  85.37 
 
 		 369 aa  662    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  85.37 
 
 		 369 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  86.45 
 
 		 369 aa  675    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  100 
 
 		 369 aa  761    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  85.91 
 
 		 397 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  87.8 
 
 		 369 aa  687    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  61.75 
 
 		 363 aa  464  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  61.19 
 
 		 372 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  61.73 
 
 		 373 aa  463  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  61.73 
 
 		 373 aa  464  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  62.6 
 
 		 372 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  61.31 
 
 		 363 aa  454  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  61.56 
 
 		 367 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  60.98 
 
 		 368 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  59.21 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  57.67 
 
 		 373 aa  428  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  57.14 
 
 		 373 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  57.03 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  56.61 
 
 		 373 aa  424  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.97 
 
 		 375 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  55.44 
 
 		 375 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  57.99 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  57.45 
 
 		 365 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  58.27 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  58.27 
 
 		 365 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  55.53 
 
 		 376 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  55.59 
 
 		 369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  53.99 
 
 		 373 aa  363  3e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  53.72 
 
 		 372 aa  359  4e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  27.88 
 
 		 480 aa  106  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  27.79 
 
 		 471 aa  104  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  32.84 
 
 		 678 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  26.87 
 
 		 473 aa  100  4e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  30.47 
 
 		 641 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  27.18 
 
 		 741 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  26.13 
 
 		 731 aa  91.3  2e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  27.95 
 
 		 653 aa  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.02 
 
 		 744 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  27.2 
 
 		 511 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  25.97 
 
 		 742 aa  89.7  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  24.89 
 
 		 469 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.84 
 
 		 720 aa  89.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  26.33 
 
 		 742 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  29.63 
 
 		 476 aa  87  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  28.06 
 
 		 728 aa  87.4  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  26.91 
 
 		 825 aa  87  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  29.55 
 
 		 724 aa  86.7  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  28.21 
 
 		 726 aa  86.7  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  26.58 
 
 		 762 aa  86.7  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  26.16 
 
 		 738 aa  86.7  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  27.34 
 
 		 728 aa  85.9  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  27.88 
 
 		 736 aa  85.9  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  28.17 
 
 		 739 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  26.59 
 
 		 722 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  28.06 
 
 		 746 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  29.2 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.57 
 
 		 907 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1852  ATPase  25.06 
 
 		 745 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  27.14 
 
 		 731 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  27.04 
 
 		 728 aa  84  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  30.72 
 
 		 715 aa  83.6  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.43 
 
 		 736 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  27.58 
 
 		 725 aa  83.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  27.01 
 
 		 738 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  28.17 
 
 		 768 aa  82.8  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  26.99 
 
 		 750 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  27.64 
 
 		 736 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  28.16 
 
 		 825 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  28.16 
 
 		 825 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  28.85 
 
 		 726 aa  81.6  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  27.49 
 
 		 740 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  27.59 
 
 		 659 aa  81.3  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.79 
 
 		 766 aa  80.9  0.00000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  26.89 
 
 		 742 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.42 
 
 		 727 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.92 
 
 		 735 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.39 
 
 		 710 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  26.56 
 
 		 515 aa  79.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  26.68 
 
 		 731 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.71 
 
 		 744 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  25.93 
 
 		 754 aa  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  29.65 
 
 		 740 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  24.18 
 
 		 719 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  26.89 
 
 		 711 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf852  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.32 
 
 		 732 aa  77.4  0.0000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  26.76 
 
 		 742 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  28.69 
 
 		 924 aa  77.4  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  28.69 
 
 		 924 aa  77.4  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  27.01 
 
 		 750 aa  77  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  25.92 
 
 		 475 aa  77.4  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  24.72 
 
 		 474 aa  77  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  27.59 
 
 		 810 aa  76.6  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  29.08 
 
 		 754 aa  76.6  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  25 
 
 		 728 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  28.77 
 
 		 731 aa  76.6  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  25.14 
 
 		 792 aa  76.3  0.0000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.46 
 
 		 733 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  35.2 
 
 		 761 aa  75.5  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  26.46 
 
 		 566 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>