More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9049 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  100 
 
 		 153 aa  306  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  58.82 
 
 		 153 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 173 aa  150  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  46.53 
 
 		 157 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6482  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618469  normal  0.143744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 171 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  28.07 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 165 aa  57.4  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3655  MarR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00553213  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 159 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  26.24 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  28.03 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  23.74 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  26.24 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6873  MarR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 159 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0503  transcriptional regulator, MarR family  25.66 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.554707 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 172 aa  53.9  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 171 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2751  transcriptional regulator, MarR family  31.75 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.290738  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2127  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 		 161 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  34.17 
 
 		 158 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 168 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0823  transcriptional regulator, MarR family  24.46 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3234  transcriptional regulator, MarR family  24.46 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 160 aa  52  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 159 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0516  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 171 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.398648 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  32.26 
 
 		 172 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0590  putative transcription regulator protein  29.69 
 
 		 178 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2040  transcriptional regulator, MarR family  27.01 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.220798  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1976  transcriptional regulator, MarR family  28.17 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.19608e-17 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1313  regulatory protein MarR  29.1 
 
 		 165 aa  50.8  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 151 aa  50.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2019  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0472428  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1775  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1758  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1940  transcriptional regulator, MarR family  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3388  transcriptional regulator, MarR family  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.228897  hitchhiker  0.000000000214754 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1801  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1941  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 147 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3061  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 159 aa  50.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3671  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2410  MarR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.83816  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1806  MarR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0986  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 155 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0330  MarR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 141 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1106  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 185 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.106479 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 193 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  32.52 
 
 		 175 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  24.5 
 
 		 171 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1714  transcriptional regulator, MarR family  26.52 
 
 		 157 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901457 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2457  regulatory protein MarR  22.14 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.368665  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 155 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  32.47 
 
 		 159 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  31.82 
 
 		 157 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3489  MarR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 148 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483469 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  32.08 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0791  transcriptional regulator, MarR family  28.85 
 
 		 152 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000107079  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4036  MarR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 148 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  23.13 
 
 		 149 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1409  MarR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 184 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>