More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8115 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  47.19 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  43.52 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  43.52 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  40.26 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  39.93 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  38.36 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  38.41 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  38.41 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  37.84 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  37.3 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  37.7 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  37.7 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  37.7 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  35.14 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  37.62 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  35.48 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  34.9 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  35.97 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  33.12 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  34.19 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  34.09 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  34.63 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  34.63 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  34.63 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  34.63 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  31.23 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  31.86 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  30.41 
 
 		 313 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  30.43 
 
 		 449 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  26.56 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  30.03 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  26.25 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  26.25 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  26.25 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  28.62 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  28.3 
 
 		 322 aa  82.8  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  27.91 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  24.73 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  24.15 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  24.56 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  35.47 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  29.82 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  30.08 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.1 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  32.33 
 
 		 362 aa  72.8  0.000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.16 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  29.93 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  28.52 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  28.86 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  22.57 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0735  integrase/recombinase  25.64 
 
 		 355 aa  69.3  0.00000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000138239  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  32.13 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  26.72 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  33.91 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  26.04 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.07 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  25.23 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  32.95 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.59 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  31.76 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  29.27 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  31.38 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  28.4 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  27.7 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  25.76 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  33.62 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  35.57 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  24.65 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  31.06 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  26.56 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  27.59 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1991  metallo-beta-lactamase family protein  24.89 
 
 		 353 aa  65.9  0.0000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2090  transport protein  27.7 
 
 		 353 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0326537  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0105  hydrogenase expression/formation protein  27.7 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  33.33 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  30.4 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  34.44 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  28.02 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  25.43 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  32.34 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  26.86 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  27.88 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  30.33 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  26.87 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.99 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  25.52 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>