More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0735 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0735  integrase/recombinase  100 
 
 
355 aa  714    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000138239  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1012  phage integrase family site specific recombinase  84.99 
 
 
354 aa  605  9.999999999999999e-173  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000959514  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0950  phage integrase family site specific recombinase  85.27 
 
 
354 aa  605  9.999999999999999e-173  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0218535  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0879  phage integrase family site specific recombinase  84.99 
 
 
354 aa  603  1.0000000000000001e-171  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.159654  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2090  transport protein  74.07 
 
 
353 aa  549  1e-155  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0326537  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0105  hydrogenase expression/formation protein  74.07 
 
 
354 aa  549  1e-155  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1991  metallo-beta-lactamase family protein  74.22 
 
 
353 aa  546  1e-154  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0843  phage integrase family site specific recombinase  74.5 
 
 
354 aa  545  1e-154  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00824905  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1132  phage integrase family site specific recombinase  65.62 
 
 
352 aa  465  9.999999999999999e-131  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1268  integrase family protein  55.14 
 
 
353 aa  380  1e-104  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.87 
 
 
310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  37.17 
 
 
299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  32.3 
 
 
307 aa  112  7.000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  30.45 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.75 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.24 
 
 
295 aa  110  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  35.98 
 
 
302 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  37.7 
 
 
301 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  30.41 
 
 
294 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  32.49 
 
 
304 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  30.48 
 
 
309 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  31.21 
 
 
295 aa  106  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  34.74 
 
 
284 aa  105  8e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  34.85 
 
 
316 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.32 
 
 
328 aa  104  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.41 
 
 
295 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.64 
 
 
330 aa  104  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  32.79 
 
 
305 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  34.92 
 
 
320 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 
305 aa  103  6e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  39.13 
 
 
302 aa  103  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.92 
 
 
297 aa  103  6e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  34.21 
 
 
295 aa  103  7e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  28.25 
 
 
298 aa  103  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  32.61 
 
 
307 aa  102  7e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  34.78 
 
 
277 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.29 
 
 
299 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  34.24 
 
 
301 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  35.64 
 
 
297 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  30.14 
 
 
303 aa  102  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 
295 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  28.77 
 
 
305 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 
298 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  37.04 
 
 
304 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 
295 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  35.86 
 
 
295 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  33.47 
 
 
308 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 
298 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
298 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  33 
 
 
308 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  28.47 
 
 
308 aa  100  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  29.26 
 
 
298 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1094  phage integrase family site specific recombinase  34.38 
 
 
223 aa  100  5e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.331299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.72 
 
 
299 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  33.67 
 
 
309 aa  99.8  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  31.28 
 
 
290 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  36.51 
 
 
304 aa  99.4  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  34 
 
 
303 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  34.07 
 
 
298 aa  99.4  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  29.02 
 
 
306 aa  99.4  9e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  36.51 
 
 
304 aa  99.4  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.95 
 
 
299 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.51 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  34.69 
 
 
294 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  33.69 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  29.1 
 
 
321 aa  99  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.5 
 
 
303 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  27.38 
 
 
321 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  34.55 
 
 
274 aa  98.2  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  35.96 
 
 
339 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  33.88 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  35.79 
 
 
254 aa  98.6  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  31.55 
 
 
309 aa  97.8  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  30.74 
 
 
306 aa  98.6  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  30.1 
 
 
304 aa  98.2  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  34.41 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 
302 aa  97.4  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
298 aa  97.8  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.42 
 
 
298 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.42 
 
 
298 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.42 
 
 
298 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.2 
 
 
301 aa  97.4  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.42 
 
 
298 aa  97.4  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 
317 aa  97.4  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  34.97 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.42 
 
 
298 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  32.07 
 
 
296 aa  97.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  32.45 
 
 
299 aa  97.1  5e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  29.06 
 
 
253 aa  97.1  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  29.13 
 
 
309 aa  96.7  6e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>