158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6041 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  39.98 
 
 		 1157 aa  829    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  100 
 
 		 1164 aa  2362    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  31.56 
 
 		 1176 aa  579  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  30.04 
 
 		 1171 aa  543  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  32.94 
 
 		 1175 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  31.79 
 
 		 1102 aa  539  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  31.84 
 
 		 1209 aa  525  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  28.16 
 
 		 1172 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  31.93 
 
 		 1208 aa  512  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  31.28 
 
 		 1199 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  30.96 
 
 		 1209 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  31.04 
 
 		 1209 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  29.06 
 
 		 1182 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  30.96 
 
 		 1209 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  30.96 
 
 		 1209 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  30.96 
 
 		 1209 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  30.96 
 
 		 1209 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  30.96 
 
 		 1209 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  31.25 
 
 		 1211 aa  506  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  30.76 
 
 		 1209 aa  505  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  30.47 
 
 		 1220 aa  497  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  31.33 
 
 		 1218 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  32.05 
 
 		 1205 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  28.93 
 
 		 1212 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  28.8 
 
 		 1207 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  30.15 
 
 		 1176 aa  446  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  27.57 
 
 		 1181 aa  425  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  30.13 
 
 		 1204 aa  422  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  28.85 
 
 		 1173 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  29 
 
 		 1173 aa  416  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  28.57 
 
 		 1302 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  30.21 
 
 		 1148 aa  398  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  28.43 
 
 		 1302 aa  396  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  28.14 
 
 		 1302 aa  396  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  28.14 
 
 		 1302 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  27.92 
 
 		 1302 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  28.47 
 
 		 1302 aa  382  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  30.16 
 
 		 1181 aa  368  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  26.86 
 
 		 1329 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  27.87 
 
 		 1289 aa  360  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  27.7 
 
 		 1179 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  27.79 
 
 		 1289 aa  357  6.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  26.21 
 
 		 1268 aa  356  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  27.85 
 
 		 1289 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  27.91 
 
 		 1289 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  32.1 
 
 		 1152 aa  343  1e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  27.34 
 
 		 1175 aa  342  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  26.76 
 
 		 1192 aa  341  5e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  27.09 
 
 		 1179 aa  337  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  27.26 
 
 		 1175 aa  336  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  27.83 
 
 		 1348 aa  333  9e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  25.45 
 
 		 1182 aa  327  7e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1195 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1168 aa  307  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  23.11 
 
 		 1187 aa  290  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  24.03 
 
 		 1164 aa  287  9e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  26.32 
 
 		 1317 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  24.03 
 
 		 1164 aa  286  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  25.69 
 
 		 1275 aa  280  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  25.69 
 
 		 1275 aa  280  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  27.9 
 
 		 1365 aa  275  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  25.25 
 
 		 1332 aa  274  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 1194 aa  268  5.999999999999999e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  28.02 
 
 		 1270 aa  266  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  27.63 
 
 		 1365 aa  265  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  26.87 
 
 		 1369 aa  264  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  25.89 
 
 		 1150 aa  261  5.0000000000000005e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  24.67 
 
 		 1288 aa  249  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  27.76 
 
 		 1366 aa  243  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  23.83 
 
 		 1194 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  23.8 
 
 		 1165 aa  239  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  25.37 
 
 		 1205 aa  238  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  24.03 
 
 		 1008 aa  237  9e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  23.56 
 
 		 1165 aa  235  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1297 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  25.06 
 
 		 1230 aa  235  5e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  23.59 
 
 		 1206 aa  234  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  23.59 
 
 		 1206 aa  233  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  28.69 
 
 		 1315 aa  230  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  30.59 
 
 		 1315 aa  228  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  22.81 
 
 		 1208 aa  228  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  27.4 
 
 		 1358 aa  228  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  27.31 
 
 		 1358 aa  226  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  27.31 
 
 		 1358 aa  225  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  29.61 
 
 		 1314 aa  225  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  29.61 
 
 		 1314 aa  225  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  30.21 
 
 		 1313 aa  225  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  29.61 
 
 		 1314 aa  225  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  30.21 
 
 		 1313 aa  225  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_003296  RS01945  hypothetical protein  31.7 
 
 		 1313 aa  225  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.206649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  23.32 
 
 		 1165 aa  224  9e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  22.39 
 
 		 1177 aa  218  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  22.39 
 
 		 1177 aa  218  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  30.83 
 
 		 1301 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>