More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1759 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 383 aa  763    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  72.63 
 
 		 380 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  71.32 
 
 		 380 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  69.74 
 
 		 383 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  54.38 
 
 		 388 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  53.61 
 
 		 393 aa  408  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  53.87 
 
 		 393 aa  411  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  56.88 
 
 		 378 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  56.79 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  56.91 
 
 		 372 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  55.16 
 
 		 372 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  50.79 
 
 		 396 aa  371  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  54.83 
 
 		 422 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  57.41 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  56.13 
 
 		 372 aa  358  8e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  53.17 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  55.65 
 
 		 378 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  52.16 
 
 		 372 aa  340  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  47.85 
 
 		 397 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  47.59 
 
 		 397 aa  319  6e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  46.84 
 
 		 391 aa  318  9e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  46.38 
 
 		 397 aa  315  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  43.78 
 
 		 429 aa  313  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  46.63 
 
 		 374 aa  305  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  46.15 
 
 		 403 aa  301  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  43.91 
 
 		 422 aa  299  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  47.34 
 
 		 391 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  44.81 
 
 		 366 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  38.75 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  44.14 
 
 		 360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  38.01 
 
 		 375 aa  271  2e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  45.68 
 
 		 373 aa  269  5e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  41.98 
 
 		 375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  42.31 
 
 		 382 aa  265  7e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  44.15 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  44.01 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  45.07 
 
 		 402 aa  249  5e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  44.78 
 
 		 369 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  45.7 
 
 		 592 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  39.95 
 
 		 387 aa  243  3.9999999999999997e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  37.2 
 
 		 362 aa  236  5.0000000000000005e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  45.65 
 
 		 372 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  45.28 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.48 
 
 		 378 aa  210  3e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  38.42 
 
 		 418 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  37.6 
 
 		 389 aa  206  6e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  37.33 
 
 		 359 aa  203  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  38.25 
 
 		 371 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  39.13 
 
 		 359 aa  196  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  37.36 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  38.59 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  36.71 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  36.71 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  36.71 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  38.12 
 
 		 366 aa  192  6e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  36.04 
 
 		 364 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  37.07 
 
 		 394 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  40.88 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  33.99 
 
 		 399 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  39.19 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  35.42 
 
 		 379 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  37.23 
 
 		 375 aa  187  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  39.19 
 
 		 338 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  39.19 
 
 		 338 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  37.8 
 
 		 386 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  35.5 
 
 		 364 aa  186  6e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  38.85 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  35.17 
 
 		 389 aa  186  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  36.91 
 
 		 368 aa  186  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  33.33 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  35.33 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  34.22 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  35.97 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  35.46 
 
 		 377 aa  184  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  36.24 
 
 		 373 aa  184  3e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  34.5 
 
 		 369 aa  183  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  39.14 
 
 		 374 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  34.51 
 
 		 409 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  33.96 
 
 		 369 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  32.17 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  33.5 
 
 		 448 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  37.4 
 
 		 388 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  39.09 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  40 
 
 		 358 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  33.67 
 
 		 422 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  36.6 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  33.68 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  33.74 
 
 		 408 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  36.79 
 
 		 331 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  34.04 
 
 		 368 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  32.89 
 
 		 370 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  36.19 
 
 		 401 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  34.22 
 
 		 385 aa  179  8e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.83 
 
 		 366 aa  179  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  39.8 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  39.68 
 
 		 425 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>