259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1260 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  53.04 
 
 		 388 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  54.6 
 
 		 396 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0336  hypothetical protein  47.12 
 
 		 376 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.115948 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  31.38 
 
 		 374 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  30.42 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  30.45 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  29.2 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  30.57 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  28.18 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  28.85 
 
 		 374 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  28.04 
 
 		 393 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  28.66 
 
 		 434 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  28.97 
 
 		 406 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  28.11 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  28.94 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  28.94 
 
 		 406 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  25.16 
 
 		 406 aa  119  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  26.11 
 
 		 444 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  29.22 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  30.56 
 
 		 408 aa  106  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  24.62 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  35.36 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  25.67 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  26.59 
 
 		 345 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  23.71 
 
 		 420 aa  94  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  31.22 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  26.92 
 
 		 374 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  27.59 
 
 		 338 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  25 
 
 		 366 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  27.27 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  25.71 
 
 		 382 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  24.79 
 
 		 358 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  25.71 
 
 		 361 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  24.01 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  21.52 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  21.73 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.48 
 
 		 668 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.48 
 
 		 679 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  29.35 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  25.86 
 
 		 652 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  24.77 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  24.77 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  22.54 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  24.77 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  22.54 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  22.22 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  25.29 
 
 		 680 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  22.22 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  22.22 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5612  protein of unknown function UPF0118  24.3 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  28.42 
 
 		 679 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  30.95 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  22.46 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25.57 
 
 		 675 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  22.85 
 
 		 644 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  24.8 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  27.36 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  26.57 
 
 		 650 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  25 
 
 		 680 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  25.43 
 
 		 677 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  23.91 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  25.31 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  22.43 
 
 		 394 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  26.84 
 
 		 651 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  26.84 
 
 		 651 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  24.27 
 
 		 662 aa  69.7  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  24.38 
 
 		 358 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  22.74 
 
 		 368 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  22.4 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  22.4 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  24.93 
 
 		 649 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  24.3 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  22.4 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  23.01 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  31.93 
 
 		 354 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  22.4 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  23.42 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  23.36 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  23.65 
 
 		 663 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  24.66 
 
 		 652 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  23.51 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  25.82 
 
 		 389 aa  67  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  23.05 
 
 		 368 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  23.05 
 
 		 368 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  24.42 
 
 		 606 aa  67  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  28.5 
 
 		 700 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  25.13 
 
 		 652 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  28.21 
 
 		 370 aa  66.6  0.0000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  22.6 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  22.87 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  24.4 
 
 		 653 aa  64.7  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  21.41 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  25.36 
 
 		 406 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  26.82 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3908  hypothetical protein  25.47 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  23.39 
 
 		 384 aa  63.9  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  23.69 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  29.44 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3357  protein of unknown function UPF0118  30 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.53694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>