More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5511 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5511  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
227 aa  448  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.360617  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  41.87 
 
 
227 aa  148  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
246 aa  134  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.24 
 
 
246 aa  128  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.62 
 
 
235 aa  128  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  37.56 
 
 
258 aa  128  7.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6885  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.31 
 
 
240 aa  119  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.22 
 
 
248 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.27 
 
 
234 aa  108  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111601 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 
223 aa  106  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  37 
 
 
223 aa  104  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 
240 aa  102  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  37 
 
 
223 aa  102  7e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.02 
 
 
235 aa  99.8  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.68 
 
 
222 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.15 
 
 
212 aa  98.6  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.78 
 
 
242 aa  95.1  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.65 
 
 
225 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  32.87 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.75 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.87 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0781257  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.23 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
225 aa  72  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
228 aa  72  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.35 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.26 
 
 
219 aa  69.3  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.46 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
222 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
222 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.86 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
227 aa  66.2  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0632  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.57 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.32 
 
 
243 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.94 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 
228 aa  64.7  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.06 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
229 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.56 
 
 
227 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
224 aa  63.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  29 
 
 
252 aa  62.8  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.05 
 
 
225 aa  62.4  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
226 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
230 aa  62  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 
222 aa  62.4  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
245 aa  62  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.85 
 
 
236 aa  62  0.000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.13 
 
 
239 aa  62  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 
227 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.851339  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  29.08 
 
 
224 aa  61.6  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.36 
 
 
241 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.92 
 
 
224 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.98 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
230 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.42 
 
 
230 aa  60.1  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  22.17 
 
 
218 aa  60.1  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 
226 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.29 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.97 
 
 
228 aa  59.7  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 
226 aa  59.7  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  24.06 
 
 
233 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
229 aa  59.7  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 
224 aa  58.9  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.57 
 
 
220 aa  58.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.18 
 
 
226 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  24.26 
 
 
238 aa  57.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
224 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
263 aa  57.8  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4798  cyclic nucleotide-binding protein  27.14 
 
 
227 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1275  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.651323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.35 
 
 
209 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
229 aa  57.4  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 
235 aa  57  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.76 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.74 
 
 
228 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.37 
 
 
228 aa  56.6  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.29 
 
 
225 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2683  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.3 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.168298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
233 aa  56.6  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
278 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  28.22 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  24.49 
 
 
352 aa  56.2  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
236 aa  56.2  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 
228 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>