More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1275 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1275  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
230 aa  450  1.0000000000000001e-126  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.651323 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2833  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.45 
 
 
213 aa  151  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0320601  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0884  Crp/Fnr family transcriptional regulator  43.14 
 
 
214 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163926  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  30.43 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.92 
 
 
222 aa  108  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  32.37 
 
 
236 aa  107  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
234 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
227 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.04 
 
 
225 aa  103  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.68 
 
 
225 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.15 
 
 
219 aa  101  8e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
225 aa  101  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.49 
 
 
225 aa  101  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.54 
 
 
223 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.47 
 
 
224 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
237 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.48 
 
 
226 aa  100  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.87 
 
 
224 aa  100  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
235 aa  99.8  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
224 aa  99.8  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
231 aa  99  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.5 
 
 
228 aa  98.6  8e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
222 aa  98.6  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.57 
 
 
229 aa  98.6  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
261 aa  98.2  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
231 aa  97.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
230 aa  97.1  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 
220 aa  96.7  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
228 aa  95.9  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
232 aa  95.9  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  95.9  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.07 
 
 
226 aa  95.9  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3679  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
216 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.170413  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 
232 aa  95.5  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31.37 
 
 
225 aa  95.1  7e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4027  cyclic nucleotide-binding protein  32.62 
 
 
216 aa  95.1  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.357709  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  30.37 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  29.09 
 
 
352 aa  94.7  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
227 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 
240 aa  93.6  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 
231 aa  93.2  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 
242 aa  93.2  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
239 aa  92.4  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.58 
 
 
228 aa  91.7  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 
226 aa  91.7  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
236 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 
251 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
230 aa  90.9  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
243 aa  90.1  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.83 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.74 
 
 
214 aa  89.7  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
229 aa  89.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
235 aa  89.7  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  31.35 
 
 
225 aa  89.7  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.84 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
226 aa  89.4  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  26.67 
 
 
218 aa  89.4  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
246 aa  89  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
249 aa  89  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.96 
 
 
226 aa  89.4  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.63 
 
 
234 aa  88.6  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.49 
 
 
225 aa  87.8  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
224 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
241 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.74 
 
 
224 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.72 
 
 
224 aa  87  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.16 
 
 
222 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
225 aa  86.3  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.94 
 
 
236 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
228 aa  86.3  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.33 
 
 
226 aa  85.9  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
238 aa  85.9  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
234 aa  85.9  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
227 aa  85.9  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
210 aa  84.3  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2668  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0967754  hitchhiker  0.000000348595 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.71 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.43 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0269  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
238 aa  83.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0244  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0127  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
222 aa  82.4  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.867755  normal  0.325855 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.94 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>