145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5821 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  100 
 
 		 445 aa  889    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  44.19 
 
 		 380 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  48.05 
 
 		 396 aa  196  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  34.26 
 
 		 390 aa  190  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  41.47 
 
 		 391 aa  187  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  44.34 
 
 		 381 aa  186  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  33.66 
 
 		 410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  47.17 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  41.94 
 
 		 386 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  37.85 
 
 		 372 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  36 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  43.09 
 
 		 402 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  33.84 
 
 		 409 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  44.76 
 
 		 391 aa  170  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  40.38 
 
 		 450 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  41.43 
 
 		 381 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  43.59 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  43.72 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  43.48 
 
 		 378 aa  159  8e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  37.75 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  38.97 
 
 		 408 aa  156  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  41.67 
 
 		 407 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  41.67 
 
 		 407 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  40.2 
 
 		 484 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  33.68 
 
 		 407 aa  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  36.36 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  36.1 
 
 		 403 aa  146  6e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  39.61 
 
 		 492 aa  142  9e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.19 
 
 		 445 aa  140  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  37.38 
 
 		 453 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  36.51 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  34.58 
 
 		 432 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  39.3 
 
 		 402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  37.82 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  34.36 
 
 		 444 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  30.92 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  37.5 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  33.16 
 
 		 380 aa  123  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  37.31 
 
 		 410 aa  120  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  30.53 
 
 		 363 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  33.67 
 
 		 369 aa  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  37.29 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  35.79 
 
 		 417 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  36.16 
 
 		 459 aa  113  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  34.01 
 
 		 459 aa  110  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  35.35 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  32.31 
 
 		 401 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  31.79 
 
 		 398 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  35.11 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  36.36 
 
 		 447 aa  89.4  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  25.66 
 
 		 439 aa  81.3  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  24.06 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  38.98 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  34.55 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  29.53 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  29.83 
 
 		 399 aa  78.2  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  27.96 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  27.96 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  28.08 
 
 		 401 aa  75.5  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  31.61 
 
 		 431 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  29.44 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  28.73 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  28.11 
 
 		 483 aa  73.6  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  32.98 
 
 		 426 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  31.75 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  30.16 
 
 		 430 aa  72.4  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  26.88 
 
 		 401 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  30.69 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  28.49 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  28.87 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  27.51 
 
 		 472 aa  70.5  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  30.81 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  27.51 
 
 		 473 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  27.51 
 
 		 473 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  28.73 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  30.26 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  27.12 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  28.11 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  31.35 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  31.41 
 
 		 423 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  30.98 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  28.57 
 
 		 418 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  30.1 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  25.91 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  27.46 
 
 		 467 aa  68.2  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  27.03 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  29.57 
 
 		 445 aa  67.8  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  30.93 
 
 		 424 aa  67.8  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  28.95 
 
 		 375 aa  67.4  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  27.96 
 
 		 396 aa  67  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  29.9 
 
 		 427 aa  67  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  27.62 
 
 		 383 aa  67  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  27.75 
 
 		 465 aa  66.6  0.0000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  29.74 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  27.09 
 
 		 440 aa  66.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  26.46 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  26.18 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  29.41 
 
 		 373 aa  66.2  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  30.43 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  30.39 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>