More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0022 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  100 
 
 
342 aa  694  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  36.36 
 
 
349 aa  172  8e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  35.6 
 
 
339 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  33.14 
 
 
360 aa  159  6e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  32.31 
 
 
368 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  1.97819e-07  unclonable  2.88423e-18 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  30.36 
 
 
350 aa  120  2e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  28.49 
 
 
362 aa  113  4e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  29.75 
 
 
354 aa  113  4e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  2.27625e-07  unclonable  3.18865e-18 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.02 
 
 
367 aa  113  6e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  27.16 
 
 
357 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.13 
 
 
316 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  29.19 
 
 
359 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  29.57 
 
 
302 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  27.01 
 
 
365 aa  97.4  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  32.4 
 
 
316 aa  96.7  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  27.93 
 
 
347 aa  95.9  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  29.55 
 
 
314 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  33.33 
 
 
314 aa  93.2  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  31.95 
 
 
315 aa  92.4  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  28.73 
 
 
308 aa  90.9  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.9 
 
 
314 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  31.7 
 
 
321 aa  87  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  29.29 
 
 
329 aa  87.4  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.24 
 
 
314 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.24 
 
 
314 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.01 
 
 
316 aa  85.1  2e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  31.53 
 
 
313 aa  84  4e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  31.53 
 
 
314 aa  84  4e-15  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  31.53 
 
 
314 aa  83.2  5e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  25.95 
 
 
342 aa  83.2  6e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  31.53 
 
 
314 aa  83.2  6e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  25.13 
 
 
346 aa  82.8  7e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  26.98 
 
 
342 aa  81.3  3e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  25.28 
 
 
376 aa  80.9  3e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  28.67 
 
 
317 aa  80.5  4e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2314  porin  26.18 
 
 
350 aa  77.8  2e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.224998 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  25.33 
 
 
348 aa  78.2  2e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  27.25 
 
 
336 aa  78.6  2e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  29.67 
 
 
351 aa  78.6  2e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  23.72 
 
 
372 aa  78.2  2e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  25.39 
 
 
354 aa  77.4  3e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  25.39 
 
 
354 aa  77.4  3e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  26.17 
 
 
359 aa  77.8  3e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  25.86 
 
 
346 aa  77.4  3e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  23.72 
 
 
347 aa  77.4  3e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  25.4 
 
 
344 aa  77.4  4e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  26.45 
 
 
336 aa  77  4e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.19 
 
 
326 aa  75.5  1e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.11 
 
 
344 aa  74.3  2e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  27.76 
 
 
356 aa  74.7  2e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  24.22 
 
 
371 aa  75.1  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  25.91 
 
 
365 aa  75.1  2e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  27.47 
 
 
344 aa  74.7  2e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  28.03 
 
 
355 aa  73.6  5e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  24.53 
 
 
342 aa  72.8  7e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  26.48 
 
 
353 aa  73.2  7e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  25.99 
 
 
354 aa  73.2  7e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  32.7 
 
 
345 aa  71.2  2e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  28.21 
 
 
344 aa  71.6  2e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  26.06 
 
 
371 aa  70.9  3e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  23.06 
 
 
345 aa  70.9  3e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  8e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  8e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0213  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  8e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  8e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  28.02 
 
 
361 aa  68.9  1e-10  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  1e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  25.53 
 
 
371 aa  69.3  1e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  25.53 
 
 
371 aa  69.3  1e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  26.93 
 
 
353 aa  68.6  1e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.52 
 
 
338 aa  68.2  2e-10  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  24.62 
 
 
361 aa  68.2  2e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  26.77 
 
 
352 aa  68.2  2e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  27.62 
 
 
354 aa  67.8  3e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  26.84 
 
 
366 aa  67.8  3e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  29.3 
 
 
381 aa  67.8  3e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  29.41 
 
 
369 aa  67.4  3e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  25.4 
 
 
354 aa  66.6  5e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  30.82 
 
 
340 aa  66.6  5e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  25.07 
 
 
346 aa  66.2  7e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  25.67 
 
 
381 aa  66.2  8e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  5.10275e-08  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.4 
 
 
363 aa  65.9  9e-10  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  26.2 
 
 
327 aa  65.5  1e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  26.15 
 
 
353 aa  65.9  1e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  24.48 
 
 
354 aa  65.9  1e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  24.71 
 
 
355 aa  65.5  1e-09  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  4.13543e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  27.33 
 
 
354 aa  65.1  2e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  25.32 
 
 
389 aa  64.7  2e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  9.90839e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  25.87 
 
 
362 aa  64.3  3e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  24.77 
 
 
356 aa  64.3  3e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  26.39 
 
 
354 aa  63.9  3e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  27.03 
 
 
354 aa  63.5  4e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  24.29 
 
 
356 aa  63.5  4e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  27.15 
 
 
351 aa  63.9  4e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  25.78 
 
 
353 aa  63.5  5e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  22.62 
 
 
351 aa  63.2  6e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  27.87 
 
 
338 aa  63.2  6e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  25.3 
 
 
402 aa  63.5  6e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  27.3 
 
 
327 aa  63.2  6e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  25.45 
 
 
401 aa  62.8  8e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>