More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TC0013 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  100 
 
 		 334 aa  694    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.77 
 
 		 357 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.61 
 
 		 333 aa  225  9e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  35.78 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.78 
 
 		 320 aa  215  9e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.11 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.38 
 
 		 322 aa  212  9e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.89 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.98 
 
 		 327 aa  208  8e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.71 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.11 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.96 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.15 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  35.01 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.2 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.86 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.84 
 
 		 308 aa  196  7e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  32.19 
 
 		 326 aa  196  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  32.19 
 
 		 326 aa  196  7e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 		 328 aa  195  8.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.13 
 
 		 354 aa  194  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.41 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  32.4 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 		 336 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 		 336 aa  192  9e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  32.29 
 
 		 330 aa  192  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  32.93 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.24 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.14 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.75 
 
 		 348 aa  189  4e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.85 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.47 
 
 		 370 aa  189  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.33 
 
 		 335 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.82 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.77 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  32.61 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.27 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.24 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.73 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  30.7 
 
 		 332 aa  186  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  31.45 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.81 
 
 		 354 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.49 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.9 
 
 		 328 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  32.27 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.21 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.69 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.56 
 
 		 333 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.04 
 
 		 370 aa  183  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.3 
 
 		 347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 		 331 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.95 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.45 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  31.09 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  32.15 
 
 		 318 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.72 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.99 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  31.71 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  29.57 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.79 
 
 		 333 aa  180  4e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  31.4 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.86 
 
 		 333 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.86 
 
 		 351 aa  179  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.81 
 
 		 349 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  33.22 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.25 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  35.21 
 
 		 356 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.1 
 
 		 332 aa  179  9e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.13 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.4 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.65 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.96 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  30.79 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  32.9 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.79 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.79 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  30.79 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  34.54 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  34.54 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  31.55 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.56 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  31.03 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.35 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  30.79 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  32.16 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  30.28 
 
 		 357 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.21 
 
 		 346 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.55 
 
 		 329 aa  176  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  30.28 
 
 		 355 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.8 
 
 		 329 aa  175  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  31.83 
 
 		 362 aa  175  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  32.91 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  34.42 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>