More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1777 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  692    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 306 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 321 aa  215  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  32.04 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  36.14 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 356 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 316 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 314 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  35.21 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 314 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 314 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  30.2 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 481 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  30.2 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 305 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  30.17 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  30.17 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  30.17 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  30.17 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  30.17 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 327 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 414 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 315 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  31.31 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  32.05 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>