147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3834 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  59.93 
 
 		 622 aa  649    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  61.98 
 
 		 657 aa  664    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.97 
 
 		 583 aa  654    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  61.08 
 
 		 567 aa  659    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  60.84 
 
 		 591 aa  668    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  61.88 
 
 		 581 aa  643    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.47 
 
 		 570 aa  659    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  60.84 
 
 		 591 aa  668    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  61.26 
 
 		 578 aa  674    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.03 
 
 		 593 aa  667    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.59 
 
 		 557 aa  643    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  63.54 
 
 		 556 aa  640    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  60.84 
 
 		 591 aa  668    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  60.56 
 
 		 578 aa  671    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 563 aa  1124    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  63.5 
 
 		 563 aa  637    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  61.26 
 
 		 578 aa  659    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.83 
 
 		 586 aa  649    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.72 
 
 		 623 aa  644    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  89.18 
 
 		 564 aa  969    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  59.22 
 
 		 577 aa  647    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  62.52 
 
 		 569 aa  672    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  62.26 
 
 		 562 aa  633  1e-180  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.41 
 
 		 582 aa  629  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  61.11 
 
 		 577 aa  629  1e-179  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  58.01 
 
 		 587 aa  611  9.999999999999999e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.17 
 
 		 562 aa  562  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  58.23 
 
 		 567 aa  544  1e-153  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.02 
 
 		 565 aa  537  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.63 
 
 		 546 aa  511  1e-143  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  49.54 
 
 		 540 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 543 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  50.09 
 
 		 547 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.54 
 
 		 537 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.72 
 
 		 543 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  45 
 
 		 552 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  45.19 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  45 
 
 		 653 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  45 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  45.19 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  45.19 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  45 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  44.3 
 
 		 696 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.33 
 
 		 556 aa  387  1e-106  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 		 786 aa  191  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  32.39 
 
 		 889 aa  184  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 		 572 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  30.14 
 
 		 533 aa  143  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  27.4 
 
 		 554 aa  140  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  33.55 
 
 		 1150 aa  128  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.87 
 
 		 1150 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.32 
 
 		 1132 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 		 1152 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  27.54 
 
 		 530 aa  108  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 		 552 aa  98.2  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  27.68 
 
 		 543 aa  87  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  32.32 
 
 		 513 aa  86.7  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  29.47 
 
 		 502 aa  85.5  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  31.79 
 
 		 543 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  31.33 
 
 		 547 aa  83.6  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  31.56 
 
 		 544 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.8 
 
 		 511 aa  81.3  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  30.22 
 
 		 546 aa  80.1  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  29.26 
 
 		 1152 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  30.97 
 
 		 538 aa  79.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  28.9 
 
 		 551 aa  77  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.21 
 
 		 535 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  30.28 
 
 		 541 aa  73.9  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 		 527 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.55 
 
 		 470 aa  72  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  29.41 
 
 		 543 aa  70.5  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.56 
 
 		 553 aa  70.1  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.3 
 
 		 528 aa  68.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05037  conserved hypothetical protein  25.35 
 
 		 1146 aa  66.2  0.000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0214915 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.66 
 
 		 526 aa  65.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.68 
 
 		 556 aa  63.5  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 		 533 aa  62.4  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  28.36 
 
 		 629 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  24.73 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.28 
 
 		 539 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.54 
 
 		 515 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  20.45 
 
 		 546 aa  58.5  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.38 
 
 		 570 aa  58.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  20.88 
 
 		 546 aa  58.2  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.77 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.97 
 
 		 570 aa  57  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  24.92 
 
 		 534 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 582 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00623  long chain fatty alcohol oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17110)  27.05 
 
 		 745 aa  55.1  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345433  normal  0.817488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.84 
 
 		 528 aa  54.3  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90828  long chain fatty acid oxidase  26.32 
 
 		 699 aa  54.3  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.654464 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.71 
 
 		 527 aa  54.3  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  25.45 
 
 		 521 aa  53.9  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.21 
 
 		 520 aa  53.5  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.55 
 
 		 526 aa  53.5  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  47.06 
 
 		 534 aa  53.1  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  34.74 
 
 		 494 aa  52.4  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.64 
 
 		 561 aa  51.6  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3885  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 657 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0361695  normal  0.12202 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>