111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3901 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  75.92 
 
 		 544 aa  812    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  100 
 
 		 541 aa  1088    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  43.93 
 
 		 530 aa  417  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  37.67 
 
 		 538 aa  291  1e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  36.64 
 
 		 513 aa  280  6e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  35.36 
 
 		 543 aa  268  2e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  34.05 
 
 		 502 aa  265  1e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  32.61 
 
 		 534 aa  253  6e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  34.88 
 
 		 547 aa  250  6e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  33.6 
 
 		 543 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  33.33 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  34.89 
 
 		 534 aa  225  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3535  Cholesterol oxidase  34.2 
 
 		 533 aa  222  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  33.52 
 
 		 543 aa  201  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 		 786 aa  127  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  28.57 
 
 		 533 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.12 
 
 		 572 aa  104  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  25.71 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  27.19 
 
 		 547 aa  100  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 		 543 aa  100  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  26.47 
 
 		 540 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  25.44 
 
 		 632 aa  91.3  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  25.44 
 
 		 632 aa  91.3  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  25.44 
 
 		 552 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  25.98 
 
 		 653 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  25.44 
 
 		 632 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  25.44 
 
 		 632 aa  90.9  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  25.44 
 
 		 632 aa  90.9  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  25.68 
 
 		 696 aa  89  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.74 
 
 		 1150 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 		 889 aa  85.9  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.13 
 
 		 556 aa  84.3  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  23.72 
 
 		 1150 aa  83.6  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  29.97 
 
 		 591 aa  83.6  0.000000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  29.97 
 
 		 591 aa  83.6  0.000000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  29.97 
 
 		 591 aa  83.6  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.27 
 
 		 623 aa  82.4  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3364  hypothetical protein  24.55 
 
 		 738 aa  80.5  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 		 578 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  26.91 
 
 		 578 aa  73.9  0.000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  27.66 
 
 		 578 aa  73.9  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  30.28 
 
 		 563 aa  73.6  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.46 
 
 		 1132 aa  72  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  29.67 
 
 		 569 aa  72.4  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.46 
 
 		 557 aa  71.2  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  27.44 
 
 		 587 aa  70.1  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 		 564 aa  69.3  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 546 aa  67.4  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 		 583 aa  67  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  23.65 
 
 		 489 aa  65.1  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.5 
 
 		 537 aa  62  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.62 
 
 		 535 aa  60.5  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 		 552 aa  60.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 582 aa  59.7  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  25.62 
 
 		 551 aa  60.1  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 		 593 aa  58.9  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 		 577 aa  58.2  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.18 
 
 		 511 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  20.31 
 
 		 521 aa  56.2  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.74 
 
 		 567 aa  55.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.54 
 
 		 562 aa  55.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.97 
 
 		 512 aa  54.7  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.45 
 
 		 501 aa  54.7  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.97 
 
 		 570 aa  54.3  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  25.71 
 
 		 562 aa  54.3  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05037  conserved hypothetical protein  26.02 
 
 		 1146 aa  53.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0214915 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.9 
 
 		 494 aa  53.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.64 
 
 		 512 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 		 570 aa  53.5  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 560 aa  52  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.71 
 
 		 550 aa  51.6  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  23.87 
 
 		 506 aa  51.2  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.86 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.31 
 
 		 572 aa  50.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  37.76 
 
 		 581 aa  50.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.02 
 
 		 586 aa  49.7  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  27.71 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.27 
 
 		 570 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  21.84 
 
 		 494 aa  48.5  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.3 
 
 		 561 aa  48.9  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.07 
 
 		 527 aa  48.5  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  25.61 
 
 		 657 aa  48.5  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.49 
 
 		 547 aa  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.49 
 
 		 547 aa  47.8  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  36.36 
 
 		 556 aa  47.8  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  25.98 
 
 		 622 aa  47.4  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.25 
 
 		 546 aa  47.8  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.94 
 
 		 563 aa  46.6  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.91 
 
 		 558 aa  46.2  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  33.86 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.5 
 
 		 566 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  40 
 
 		 577 aa  46.2  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.42 
 
 		 574 aa  46.2  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.92 
 
 		 572 aa  46.2  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  24.16 
 
 		 546 aa  45.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.21 
 
 		 1152 aa  45.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  23.1 
 
 		 561 aa  45.4  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  25.07 
 
 		 570 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.55 
 
 		 565 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>