243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04760 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  64.59 
 
 		 556 aa  637    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  63.59 
 
 		 577 aa  676    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  64.34 
 
 		 577 aa  725    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  61.71 
 
 		 622 aa  705    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.07 
 
 		 557 aa  645    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.04 
 
 		 623 aa  664    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.75 
 
 		 583 aa  679    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  100 
 
 		 562 aa  1154    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  68.74 
 
 		 591 aa  787    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  63.8 
 
 		 657 aa  731    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  64.1 
 
 		 587 aa  691    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  63.19 
 
 		 569 aa  697    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  68.95 
 
 		 578 aa  792    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  64.25 
 
 		 563 aa  650    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.37 
 
 		 570 aa  719    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.04 
 
 		 582 aa  643    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  68.74 
 
 		 591 aa  787    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  67.02 
 
 		 578 aa  771    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.93 
 
 		 562 aa  716    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  62.68 
 
 		 581 aa  667    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.87 
 
 		 586 aa  666    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  63.78 
 
 		 567 aa  687    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.18 
 
 		 593 aa  664    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  68.74 
 
 		 591 aa  786    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  63.91 
 
 		 564 aa  681    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  67.19 
 
 		 578 aa  779    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  62.26 
 
 		 563 aa  669    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  61.29 
 
 		 567 aa  598  1e-170  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.17 
 
 		 565 aa  528  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.98 
 
 		 546 aa  502  1e-141  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  47.57 
 
 		 540 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.68 
 
 		 537 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.07 
 
 		 556 aa  439  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.16 
 
 		 543 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.97 
 
 		 543 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  45.83 
 
 		 552 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  47.85 
 
 		 547 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  45.83 
 
 		 653 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  45.83 
 
 		 632 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  45.83 
 
 		 632 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  45.83 
 
 		 632 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  45.83 
 
 		 696 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  45.83 
 
 		 632 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  45.83 
 
 		 632 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.87 
 
 		 786 aa  212  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  32.27 
 
 		 889 aa  187  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 		 572 aa  173  7.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  32.04 
 
 		 533 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  26.55 
 
 		 554 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.08 
 
 		 1150 aa  118  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  29.64 
 
 		 1150 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.25 
 
 		 552 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.69 
 
 		 551 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.57 
 
 		 526 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 527 aa  100  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.91 
 
 		 515 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  31.03 
 
 		 513 aa  97.4  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  26.45 
 
 		 543 aa  90.5  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  30.77 
 
 		 1152 aa  87.8  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.28 
 
 		 556 aa  87  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.57 
 
 		 528 aa  86.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.23 
 
 		 1152 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 1132 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  28.01 
 
 		 530 aa  84.3  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  29.9 
 
 		 538 aa  83.2  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  27.54 
 
 		 541 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.47 
 
 		 520 aa  81.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  31.82 
 
 		 544 aa  80.1  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.28 
 
 		 553 aa  79  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  26.74 
 
 		 543 aa  77.8  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  26.25 
 
 		 502 aa  77.4  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.29 
 
 		 511 aa  77  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.45 
 
 		 470 aa  73.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 518 aa  73.9  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.36 
 
 		 526 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 		 505 aa  72.8  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 		 556 aa  72  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  28.78 
 
 		 546 aa  72  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.81 
 
 		 556 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 		 533 aa  68.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.82 
 
 		 547 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.84 
 
 		 562 aa  68.2  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.34 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  28.11 
 
 		 547 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  24.73 
 
 		 547 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  31.2 
 
 		 528 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3596  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 		 531 aa  64.3  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 		 532 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.63 
 
 		 504 aa  63.9  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.24 
 
 		 532 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.24 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.88 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.24 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.02 
 
 		 527 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 658 aa  62  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  26.43 
 
 		 532 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  26.78 
 
 		 543 aa  60.8  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04780  oxidoreductase  24.03 
 
 		 531 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  25.84 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>