111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2399 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  68.28 
 
 		 538 aa  669    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  100 
 
 		 513 aa  1020    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  46.25 
 
 		 543 aa  438  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  46.05 
 
 		 543 aa  409  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  36.64 
 
 		 541 aa  280  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  37.12 
 
 		 544 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  36.14 
 
 		 530 aa  269  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  32.17 
 
 		 502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  34.18 
 
 		 547 aa  242  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3535  Cholesterol oxidase  34.77 
 
 		 533 aa  231  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  31.07 
 
 		 534 aa  228  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  32.37 
 
 		 546 aa  227  5.0000000000000005e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  34.94 
 
 		 543 aa  216  8e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  34.8 
 
 		 534 aa  205  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  34.85 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  33.94 
 
 		 540 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.13 
 
 		 543 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  27.96 
 
 		 578 aa  103  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.46 
 
 		 786 aa  103  7e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.82 
 
 		 543 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  32.2 
 
 		 547 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  30.16 
 
 		 889 aa  97.1  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  32.01 
 
 		 569 aa  97.1  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3364  hypothetical protein  24.57 
 
 		 738 aa  97.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451115  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 		 583 aa  96.7  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.26 
 
 		 593 aa  96.7  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.49 
 
 		 582 aa  94.7  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.34 
 
 		 623 aa  92.4  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 572 aa  92.4  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  30.4 
 
 		 657 aa  91.3  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  29.94 
 
 		 578 aa  90.9  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  29.28 
 
 		 622 aa  90.9  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  28.7 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  32.21 
 
 		 564 aa  88.6  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.34 
 
 		 557 aa  88.6  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.75 
 
 		 586 aa  88.6  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  28.7 
 
 		 591 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  28.7 
 
 		 591 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  32.32 
 
 		 563 aa  86.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.74 
 
 		 537 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  30 
 
 		 578 aa  85.9  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  28.66 
 
 		 632 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  28.66 
 
 		 632 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  28.66 
 
 		 632 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  28.35 
 
 		 552 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  28.35 
 
 		 653 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  28.35 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  28.35 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.59 
 
 		 526 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  28.66 
 
 		 696 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.31 
 
 		 556 aa  78.6  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  33.33 
 
 		 563 aa  77.8  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 		 535 aa  77.4  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  30.03 
 
 		 581 aa  76.6  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.38 
 
 		 1150 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  29.59 
 
 		 577 aa  75.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  27.44 
 
 		 587 aa  73.2  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  24.85 
 
 		 554 aa  70.9  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  31.55 
 
 		 567 aa  70.9  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.13 
 
 		 1132 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  29.81 
 
 		 577 aa  69.3  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 		 565 aa  68.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  31.41 
 
 		 1152 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  28.03 
 
 		 551 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.02 
 
 		 546 aa  65.1  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.9 
 
 		 570 aa  64.7  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  27.22 
 
 		 567 aa  64.3  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  25.39 
 
 		 1150 aa  64.3  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.39 
 
 		 552 aa  63.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 		 1152 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  27.42 
 
 		 562 aa  58.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.61 
 
 		 566 aa  57.4  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  30 
 
 		 556 aa  57  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  48.48 
 
 		 512 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 		 562 aa  55.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.13 
 
 		 563 aa  52.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  46.67 
 
 		 511 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.2 
 
 		 527 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.49 
 
 		 572 aa  51.6  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.38 
 
 		 561 aa  51.2  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  24.85 
 
 		 558 aa  51.6  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 511 aa  50.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.94 
 
 		 534 aa  50.1  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.93 
 
 		 550 aa  49.7  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  25.14 
 
 		 489 aa  48.5  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  24.77 
 
 		 532 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.7 
 
 		 561 aa  47.4  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.1 
 
 		 573 aa  47  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.5 
 
 		 574 aa  46.6  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  49.02 
 
 		 511 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 		 570 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  51.02 
 
 		 511 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 539 aa  45.8  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  28.35 
 
 		 629 aa  45.8  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.86 
 
 		 582 aa  45.8  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.97 
 
 		 528 aa  45.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.33 
 
 		 505 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  48.98 
 
 		 511 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  22.97 
 
 		 521 aa  45.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>