More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5340 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5340  isochorismatase hydrolase  100 
 
 		 222 aa  458  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3011  isochorismatase hydrolase  59.03 
 
 		 235 aa  264  8e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5346  isochorismatase hydrolase  36.41 
 
 		 217 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.708564  normal  0.524133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72660  hypothetical protein  37.38 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.280253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6308  hypothetical protein  37.38 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2058  isochorismatase hydrolase  36.27 
 
 		 214 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0780  isochorismatase hydrolase  33.96 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.473619  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4490  isochorismatase hydrolase  35.94 
 
 		 220 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0028  isochorismatase hydrolase  33.17 
 
 		 247 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.123472 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0181  isochorismatase hydrolase  33.17 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2024  isochorismatase hydrolase  31.16 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.166105  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06124  isochorismatase family hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08700)  31.19 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.189791 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0850  isochorismatase hydrolase  30 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.633323  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1111  isochorismatase hydrolase  30.7 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.77446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1705  isochorismatase hydrolase  30.7 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0048  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157221 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00761  isochorismatase family protein  28.77 
 
 		 244 aa  81.6  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3116  isochorismatase hydrolase  30.73 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0173  isochorismatase hydrolase  30.26 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4193  isochorismatase hydrolase  28.72 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35687  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1017  isochorismatase hydrolase  31.68 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4208  isochorismatase hydrolase  31.22 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2038  isochorismatase hydrolase  29.82 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.608826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2198  isochorismatase hydrolase  28.36 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2755  putative isochorismatase  29.15 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4623  putative isochorismatase family protein  29.67 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0276016 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1477  isochorismatase hydrolase  31.67 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3075  isochorismatase hydrolase  28.57 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00897  putative hydrolase protein  30 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1371  isochorismatase family protein  28.08 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.16071  normal  0.0672215 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0813  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.255569 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0034  isochorismatase hydrolase  29.15 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2747  N-carbamoylsarcosine amidase  32.99 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5240  isochorismatase hydrolase  28.08 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0273  isochorismatase hydrolase  28.08 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4294  isochorismatase hydrolase  29.11 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3023  isochorismatase hydrolase  28.23 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3302  isochorismatase  26.47 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.154623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2114  putative isochorismatase family protein, rutB  28.3 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6446  isochorismatase hydrolase  27.78 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.0975575 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_26363  predicted protein  28.57 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3089  N-carbamoylsarcosine amidase  31.82 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109998  hitchhiker  0.000000410333 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1849  isochorismatase hydrolase  28.57 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1129  putative isochorismatase family protein, rutB  27.83 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.880561  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2226  isochorismatase hydrolase  27.75 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3931  isochorismatase hydrolase  29.32 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122322 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01014  predicted enzyme  27.83 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01021  hypothetical protein  27.83 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4478  isochorismatase hydrolase  26.13 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1695  isochorismatase hydrolase  28.79 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal  0.0828387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3884  isochorismatase hydrolase  39.25 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2435  hypothetical protein  30.24 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.528744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1822  isochorismatase hydrolase  27.88 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal  0.03112 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1126  putative isochorismatase family protein, rutB  27.83 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2511  isochorismatase hydrolase  29.32 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2584  isochorismatase hydrolase  27.83 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0766  isochorismatase family protein  27.31 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0251753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0839  isochorismatase hydrolase  28.78 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0732  isochorismatase hydrolase  29.91 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.044592 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1345  hypothetical protein  28.28 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.263242  hitchhiker  0.00089909 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5815  isochorismatase hydrolase  28.8 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.28995  hitchhiker  0.00617884 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2116  hypothetical protein  28.28 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000503086 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2061  hypothetical protein  28.28 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00956218 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2056  hypothetical protein  28.28 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal  0.892296 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1221  hypothetical protein  28.28 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.400987  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6045  N-carbamoylsarcosine amidase  28.72 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2631  isochorismatase hydrolase  27.36 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.662963  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1014  isochorismatase hydrolase  28.08 
 
 		 190 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.584957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0217  isochorismatase hydrolase family protein  29.12 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000108628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1248  putative isochorismatase family protein, rutB  27.36 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03716  conserved hypothetical protein  29.06 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3108  isochorismatase hydrolase  29.15 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.390914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0998  isochorismatase hydrolase  27.98 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1314  isochorismatase hydrolase  37.36 
 
 		 172 aa  67  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.164435  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2912  isochorismatase hydrolase  27.18 
 
 		 240 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.333712  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0676  isochorismatase hydrolase  32.8 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2113  isochorismatase hydrolase  27.78 
 
 		 180 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  0.165313 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4203  isochorismatase family protein  29.06 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000421381 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03665  hypothetical protein  29.06 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4549  isochorismatase hydrolase  29.67 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  0.388724 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5654  hypothetical protein  26.39 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3491  N-carbamoylsarcosine amidase  30.96 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3001  isochorismatase hydrolase  31.52 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439517  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4803  gluconolactonase  29.1 
 
 		 533 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0399  isochorismatase hydrolase  26.15 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6453  isochorismatase hydrolase  25.63 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344539  normal  0.0179591 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2783  hypothetical protein  26.34 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.163841  normal  0.0349806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2014  isochorismatase hydrolase  28.64 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0259  isochorismatase hydrolase family protein  29.57 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6450  isochorismatase hydrolase  28.76 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0709723  normal  0.0611102 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2477  isochorismatase hydrolase  29.41 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0529331  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0569  isochorismatase family protein  26.09 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0754986  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1434  isochorismatase hydrolase  29.59 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0935045  normal  0.33777 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6450  isochorismatase hydrolase  28.16 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0382853 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2400  isochorismatase hydrolase  27.96 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.268382  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1123  isochorismatase hydrolase  28.79 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2775  isochorismatase hydrolase  29.38 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0016707  normal  0.950769 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3053  isochorismatase hydrolase  30.65 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0333292  normal  0.223788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1404  isochorismatase hydrolase  29.59 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00231254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1826  isochorismatase superfamily hydrolase  29.59 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.436754  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>