More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2063 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.23 
 
 
634 aa  1036    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  88.96 
 
 
634 aa  1169    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.9 
 
 
642 aa  692    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.02 
 
 
634 aa  1021    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  78.23 
 
 
634 aa  1036    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.2 
 
 
634 aa  705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.82 
 
 
638 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  51.75 
 
 
631 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.42 
 
 
632 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
634 aa  1314    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.02 
 
 
634 aa  1021    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  95.9 
 
 
634 aa  1207    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.23 
 
 
634 aa  1013    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.56 
 
 
632 aa  755    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.59 
 
 
634 aa  1176    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  77.6 
 
 
634 aa  1021    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  55.82 
 
 
646 aa  726    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  40.96 
 
 
634 aa  350  5e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 
623 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
663 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.65 
 
 
645 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.21 
 
 
648 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.45 
 
 
648 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 
648 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.89 
 
 
648 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.95 
 
 
648 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 
731 aa  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.5 
 
 
596 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.32 
 
 
650 aa  152  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.12 
 
 
644 aa  152  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.25 
 
 
637 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.24 
 
 
696 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.15 
 
 
637 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.58 
 
 
650 aa  147  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  26.4 
 
 
568 aa  147  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
642 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.76 
 
 
818 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.39 
 
 
635 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  24.3 
 
 
973 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.9 
 
 
818 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.69 
 
 
818 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  25.49 
 
 
823 aa  142  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  24.06 
 
 
646 aa  141  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.94 
 
 
818 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.73 
 
 
663 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  25.57 
 
 
669 aa  140  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.74 
 
 
811 aa  140  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.12 
 
 
1021 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  24.36 
 
 
571 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  24.37 
 
 
646 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.76 
 
 
806 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 
1072 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439713  normal  0.242332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.35 
 
 
734 aa  138  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.76 
 
 
805 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  25.39 
 
 
636 aa  137  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
645 aa  137  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.46 
 
 
807 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.43 
 
 
820 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  23.91 
 
 
646 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.02 
 
 
639 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  23.84 
 
 
657 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 
650 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  25.17 
 
 
1121 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.53 
 
 
808 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  23.91 
 
 
646 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.7 
 
 
975 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  24.38 
 
 
820 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.54 
 
 
649 aa  134  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.02 
 
 
639 aa  134  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 
637 aa  134  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  23.88 
 
 
635 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  23.89 
 
 
636 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  25.34 
 
 
676 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  26.24 
 
 
800 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.56 
 
 
818 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  26.24 
 
 
800 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  24.3 
 
 
647 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  25.84 
 
 
637 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.52 
 
 
792 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  23.85 
 
 
643 aa  132  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  23.03 
 
 
641 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.97 
 
 
803 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  23.66 
 
 
631 aa  132  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1942  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.56 
 
 
805 aa  132  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061026 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3252  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
872 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
872 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
872 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
872 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  24.55 
 
 
768 aa  131  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  24.52 
 
 
647 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.98 
 
 
583 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.24 
 
 
872 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  24.52 
 
 
647 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  24.3 
 
 
647 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>