More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2066 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.23 
 
 
634 aa  1055  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.11285e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.32 
 
 
634 aa  1202  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  97.48 
 
 
634 aa  1238  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.02 
 
 
634 aa  1032  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.48 
 
 
634 aa  1238  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.55268e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.98 
 
 
638 aa  639  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.72 
 
 
634 aa  690  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.76 
 
 
642 aa  693  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  51.43 
 
 
631 aa  662  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
634 aa  1311  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.03773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.81 
 
 
634 aa  1033  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.12765e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.56 
 
 
632 aa  748  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.55509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  77.92 
 
 
634 aa  1043  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  53.87 
 
 
646 aa  707  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  98.58 
 
 
634 aa  1297  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.04677e-07  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.42 
 
 
632 aa  752  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.08 
 
 
634 aa  1026  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  40.5 
 
 
634 aa  344  3e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.48 
 
 
623 aa  256  1e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.02 
 
 
663 aa  208  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.08 
 
 
645 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
648 aa  166  2e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
648 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
648 aa  160  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.55 
 
 
648 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  7.5441e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 
644 aa  156  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.44 
 
 
596 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.23 
 
 
650 aa  155  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.15 
 
 
648 aa  155  3e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  25.36 
 
 
646 aa  150  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.11 
 
 
650 aa  150  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 
642 aa  149  2e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.79 
 
 
811 aa  149  2e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 
637 aa  148  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  148  4e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.52708e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.99 
 
 
663 aa  147  4e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  148  4e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.73717e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
646 aa  147  4e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.10805e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  25.06 
 
 
646 aa  147  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.69652e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.23 
 
 
806 aa  147  8e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  26.22 
 
 
635 aa  145  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  24.94 
 
 
818 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  27.06 
 
 
568 aa  143  1e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 
637 aa  143  1e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.09 
 
 
820 aa  142  1e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.6 
 
 
805 aa  142  2e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.84 
 
 
637 aa  142  2e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 
696 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  24.88 
 
 
823 aa  141  5e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.49 
 
 
818 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.9 
 
 
1021 aa  140  9e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.69 
 
 
807 aa  139  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  24.32 
 
 
973 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  25.34 
 
 
647 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.09 
 
 
818 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 
647 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.14 
 
 
731 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  25.34 
 
 
647 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  25.54 
 
 
646 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.76452e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  25.54 
 
 
646 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  25.54 
 
 
646 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  25.56 
 
 
647 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  25.54 
 
 
646 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  23.33 
 
 
643 aa  138  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  6.83384e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  23.95 
 
 
571 aa  138  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  22.56 
 
 
635 aa  137  6e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  24.25 
 
 
657 aa  137  6e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  24.59 
 
 
591 aa  137  7e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00780  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  24.75 
 
 
950 aa  137  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.464511  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  25.54 
 
 
646 aa  137  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  24.77 
 
 
638 aa  136  1e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  24.77 
 
 
637 aa  136  1e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  24.77 
 
 
638 aa  136  1e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.4 
 
 
732 aa  135  2e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 
975 aa  135  2e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.86 
 
 
803 aa  136  2e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 
650 aa  135  2e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 
1072 aa  135  2e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439713  normal  0.242332 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.21 
 
 
864 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  24.24 
 
 
631 aa  134  4e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25 
 
 
734 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  24.49 
 
 
820 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.73 
 
 
649 aa  134  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  24.54 
 
 
636 aa  133  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.82 
 
 
808 aa  133  9e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  2.89521e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  24.11 
 
 
669 aa  133  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  24.57 
 
 
640 aa  133  1e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.97 
 
 
639 aa  132  2e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  24.54 
 
 
636 aa  132  2e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.41 
 
 
818 aa  132  2e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.06 
 
 
639 aa  132  2e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  24.3 
 
 
1121 aa  132  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  24.54 
 
 
636 aa  131  4e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.36 
 
 
818 aa  131  5e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.78 
 
 
792 aa  130  7e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>