More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2118 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  58.05 
 
 		 574 aa  659    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  54.13 
 
 		 577 aa  655    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  57.61 
 
 		 568 aa  664    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  59.15 
 
 		 573 aa  715    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  57.77 
 
 		 584 aa  667    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  57.79 
 
 		 586 aa  636    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  51.83 
 
 		 574 aa  648    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  57.8 
 
 		 584 aa  664    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  57.61 
 
 		 568 aa  664    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  57.61 
 
 		 568 aa  664    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  57.25 
 
 		 578 aa  652    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  58.9 
 
 		 584 aa  666    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  61.76 
 
 		 604 aa  740    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  100 
 
 		 596 aa  1197    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  53.6 
 
 		 577 aa  649    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  55.38 
 
 		 608 aa  631  1e-179  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  52.75 
 
 		 575 aa  627  1e-178  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  52.77 
 
 		 570 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  51.62 
 
 		 593 aa  621  1e-176  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  52.44 
 
 		 579 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  50.26 
 
 		 609 aa  598  1e-169  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  48.54 
 
 		 573 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  47.91 
 
 		 557 aa  549  1e-155  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  51.05 
 
 		 562 aa  543  1e-153  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  47.64 
 
 		 570 aa  523  1e-147  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.74 
 
 		 560 aa  525  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  47.57 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  47.27 
 
 		 597 aa  522  1e-147  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  48.19 
 
 		 561 aa  523  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 555 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  47.39 
 
 		 555 aa  522  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  47.92 
 
 		 561 aa  521  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  47.56 
 
 		 558 aa  517  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  47.38 
 
 		 558 aa  516  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  47.93 
 
 		 555 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  49.24 
 
 		 555 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 556 aa  512  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  47.89 
 
 		 555 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  44.81 
 
 		 588 aa  509  1e-143  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  46.67 
 
 		 555 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  47.75 
 
 		 555 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  47.1 
 
 		 558 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  47.1 
 
 		 558 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  46.57 
 
 		 567 aa  507  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 560 aa  507  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  45.39 
 
 		 569 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  45.39 
 
 		 569 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  47.1 
 
 		 558 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  46.33 
 
 		 559 aa  507  9.999999999999999e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  47.1 
 
 		 558 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  46.86 
 
 		 556 aa  504  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  46.38 
 
 		 555 aa  503  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  47.08 
 
 		 553 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  46.57 
 
 		 559 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  45.55 
 
 		 558 aa  503  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  43.97 
 
 		 592 aa  504  1e-141  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  45.47 
 
 		 557 aa  504  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  47.24 
 
 		 720 aa  503  1e-141  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  46.39 
 
 		 560 aa  504  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  46.57 
 
 		 559 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  44.11 
 
 		 591 aa  499  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  45.67 
 
 		 559 aa  501  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  46.98 
 
 		 557 aa  501  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  44.27 
 
 		 560 aa  500  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  45.97 
 
 		 563 aa  501  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  46.47 
 
 		 559 aa  498  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  44.52 
 
 		 589 aa  495  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  47.66 
 
 		 569 aa  498  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  44.14 
 
 		 568 aa  498  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  45.95 
 
 		 559 aa  498  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  46.51 
 
 		 564 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  46.96 
 
 		 573 aa  498  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  47.12 
 
 		 557 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  47.12 
 
 		 559 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  44.14 
 
 		 568 aa  498  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  47.48 
 
 		 557 aa  497  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  46.14 
 
 		 564 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  45.59 
 
 		 560 aa  495  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  44.57 
 
 		 586 aa  495  1e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  46.29 
 
 		 570 aa  496  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  47.15 
 
 		 557 aa  496  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  43.12 
 
 		 561 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  45.88 
 
 		 561 aa  492  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 571 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 576 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  44.7 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  44.88 
 
 		 576 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  43.68 
 
 		 591 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  47.15 
 
 		 556 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>