More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2073 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  63.31 
 
 		 531 aa  652    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 535 aa  1062    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  60.82 
 
 		 537 aa  626  1e-178  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  47.96 
 
 		 533 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.32 
 
 		 856 aa  455  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.13 
 
 		 856 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  44.65 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  46.03 
 
 		 534 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  44.24 
 
 		 533 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  46.01 
 
 		 533 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  44.24 
 
 		 532 aa  433  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  46.03 
 
 		 535 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  45.79 
 
 		 533 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  45.83 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  43.6 
 
 		 532 aa  425  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.55 
 
 		 853 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  44.04 
 
 		 531 aa  419  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 		 532 aa  418  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  42.03 
 
 		 534 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  41.59 
 
 		 534 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  41.09 
 
 		 554 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 		 554 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  43.22 
 
 		 533 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  42.13 
 
 		 534 aa  385  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  43.49 
 
 		 532 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  44.09 
 
 		 556 aa  385  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  43.49 
 
 		 532 aa  385  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.26 
 
 		 845 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.86 
 
 		 848 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.05 
 
 		 844 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.06 
 
 		 849 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  40.88 
 
 		 554 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  40.88 
 
 		 554 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  40.18 
 
 		 551 aa  378  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.08 
 
 		 844 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.51 
 
 		 839 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  40.46 
 
 		 554 aa  375  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.8 
 
 		 844 aa  363  4e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  39.34 
 
 		 525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  40.87 
 
 		 530 aa  350  5e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  39.34 
 
 		 532 aa  349  8e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  38.43 
 
 		 533 aa  347  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 		 532 aa  345  1e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  38.42 
 
 		 532 aa  344  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  40.04 
 
 		 533 aa  343  5e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  39.3 
 
 		 533 aa  343  5.999999999999999e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.81 
 
 		 834 aa  342  9e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  39.02 
 
 		 524 aa  339  7e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 		 530 aa  339  9e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  39.44 
 
 		 532 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  40.6 
 
 		 533 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  38.62 
 
 		 530 aa  334  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.18 
 
 		 846 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  40.61 
 
 		 533 aa  330  3e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  37.36 
 
 		 533 aa  330  4e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  38.78 
 
 		 508 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  38.03 
 
 		 531 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  38.56 
 
 		 526 aa  327  3e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.69 
 
 		 846 aa  327  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  37.85 
 
 		 843 aa  322  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  40.86 
 
 		 594 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  40.86 
 
 		 594 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  39.4 
 
 		 534 aa  320  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  39.96 
 
 		 632 aa  320  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  38.81 
 
 		 521 aa  320  5e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  38.21 
 
 		 526 aa  318  1e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  37.98 
 
 		 505 aa  319  1e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 		 526 aa  318  1e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  38.76 
 
 		 501 aa  317  5e-85  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  38.72 
 
 		 632 aa  316  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  38.72 
 
 		 632 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  38.38 
 
 		 510 aa  309  8e-83  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  39.73 
 
 		 625 aa  305  9.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  37.4 
 
 		 529 aa  303  4.0000000000000003e-81  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  38.62 
 
 		 621 aa  301  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  37.99 
 
 		 640 aa  302  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  36.79 
 
 		 614 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  35.81 
 
 		 616 aa  298  2e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  39.63 
 
 		 604 aa  297  3e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  38.29 
 
 		 636 aa  297  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  38 
 
 		 621 aa  297  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  37.5 
 
 		 615 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  36.99 
 
 		 615 aa  295  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  39.38 
 
 		 521 aa  295  2e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  38.94 
 
 		 599 aa  294  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  37.6 
 
 		 627 aa  292  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  37.77 
 
 		 626 aa  292  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.16 
 
 		 858 aa  291  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 		 626 aa  290  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  36.4 
 
 		 621 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  35.26 
 
 		 626 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 		 615 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 		 615 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 		 615 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 		 615 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  37.28 
 
 		 615 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  35.52 
 
 		 629 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  37.68 
 
 		 512 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  36.86 
 
 		 616 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>