256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0318 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 537 aa  1103    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.92 
 
 		 546 aa  586  1e-166  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.3 
 
 		 556 aa  464  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  45.64 
 
 		 632 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  45.64 
 
 		 632 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  45.64 
 
 		 632 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  45.45 
 
 		 632 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  45.45 
 
 		 552 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  45.45 
 
 		 653 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  45.45 
 
 		 632 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  44.22 
 
 		 696 aa  442  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  46.92 
 
 		 563 aa  431  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.37 
 
 		 583 aa  422  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  46.04 
 
 		 567 aa  424  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  45.54 
 
 		 564 aa  422  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  44.7 
 
 		 540 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.4 
 
 		 543 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.64 
 
 		 623 aa  415  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  44.65 
 
 		 578 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  46.56 
 
 		 581 aa  418  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  44.12 
 
 		 578 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.02 
 
 		 543 aa  415  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  43.83 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  42.94 
 
 		 657 aa  412  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  43.95 
 
 		 591 aa  409  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  46.14 
 
 		 563 aa  411  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  43.95 
 
 		 591 aa  409  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  43.95 
 
 		 591 aa  409  1e-113  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  44.65 
 
 		 622 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  46.01 
 
 		 567 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  44.68 
 
 		 562 aa  404  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  43.04 
 
 		 578 aa  404  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  44.63 
 
 		 577 aa  400  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  44.59 
 
 		 577 aa  398  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 586 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  42.51 
 
 		 587 aa  391  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  45.66 
 
 		 556 aa  388  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.42 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.59 
 
 		 570 aa  383  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  42.03 
 
 		 569 aa  378  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.69 
 
 		 593 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.48 
 
 		 557 aa  363  4e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.44 
 
 		 562 aa  360  4e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.92 
 
 		 565 aa  340  5e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  30.73 
 
 		 533 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.06 
 
 		 786 aa  161  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  34.94 
 
 		 889 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 572 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  27.34 
 
 		 554 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  26.12 
 
 		 1150 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 1150 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  28.74 
 
 		 513 aa  85.5  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  23.98 
 
 		 530 aa  82  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  30.41 
 
 		 538 aa  81.6  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.63 
 
 		 511 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 573 aa  77  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.38 
 
 		 548 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.3 
 
 		 528 aa  75.1  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.3 
 
 		 556 aa  75.1  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 		 547 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  26.93 
 
 		 502 aa  74.7  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.1 
 
 		 515 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.59 
 
 		 522 aa  72  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.3 
 
 		 518 aa  70.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  25.5 
 
 		 543 aa  70.9  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.7 
 
 		 562 aa  70.5  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  25.54 
 
 		 543 aa  68.9  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.4 
 
 		 550 aa  66.6  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  24.3 
 
 		 547 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 522 aa  66.6  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 		 527 aa  65.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.52 
 
 		 579 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  28.71 
 
 		 544 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.06 
 
 		 552 aa  64.7  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.13 
 
 		 547 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 		 501 aa  63.5  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.47 
 
 		 548 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.82 
 
 		 523 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.41 
 
 		 522 aa  63.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.57 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 		 570 aa  62.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  29.5 
 
 		 541 aa  62.4  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.2 
 
 		 527 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.57 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.73 
 
 		 541 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  26.45 
 
 		 1152 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.19 
 
 		 551 aa  61.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 1152 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2937  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.01 
 
 		 711 aa  61.2  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0446461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 532 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  24.48 
 
 		 522 aa  60.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  23.06 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.94 
 
 		 535 aa  60.5  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.91 
 
 		 553 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 		 1132 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  24.01 
 
 		 534 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 522 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 		 545 aa  58.5  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  23.2 
 
 		 574 aa  58.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>