96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1189 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  100 
 
 		 962 aa  1883    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  83.66 
 
 		 951 aa  1511    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  52.74 
 
 		 976 aa  834    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  83.46 
 
 		 947 aa  1516    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  55.09 
 
 		 957 aa  873    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  30.3 
 
 		 991 aa  395  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  29.85 
 
 		 994 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  37.08 
 
 		 915 aa  280  7e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  36.19 
 
 		 855 aa  271  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  37.43 
 
 		 836 aa  267  7e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  34.63 
 
 		 864 aa  265  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  35.91 
 
 		 856 aa  260  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  36.32 
 
 		 846 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1502  exonuclease-like protein  35.15 
 
 		 856 aa  248  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2356  exonuclease-like protein  34.86 
 
 		 856 aa  247  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  30.75 
 
 		 958 aa  225  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2640  hypothetical protein  33.44 
 
 		 883 aa  211  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0600209  normal  0.0102086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  33.09 
 
 		 940 aa  174  7.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  27.33 
 
 		 1052 aa  109  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  27.66 
 
 		 1049 aa  100  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  26.02 
 
 		 1047 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  25.62 
 
 		 1052 aa  96.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  25.85 
 
 		 1047 aa  95.1  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.71 
 
 		 1048 aa  94.7  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  24.44 
 
 		 1047 aa  94.7  8e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  25.46 
 
 		 1052 aa  94  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  25.69 
 
 		 1045 aa  91.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  29.9 
 
 		 1040 aa  90.5  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  30.87 
 
 		 1048 aa  89.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  27.59 
 
 		 1053 aa  89  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  28.23 
 
 		 991 aa  89  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  27.56 
 
 		 1076 aa  86.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  27.15 
 
 		 993 aa  86.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  26.87 
 
 		 1059 aa  80.1  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  25.09 
 
 		 1064 aa  80.1  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  27.2 
 
 		 991 aa  79.3  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.4 
 
 		 1042 aa  77  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  28.21 
 
 		 1054 aa  77  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  25.8 
 
 		 1043 aa  75.5  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  29 
 
 		 1049 aa  75.1  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  25.12 
 
 		 780 aa  74.3  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  28.38 
 
 		 1042 aa  69.3  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  25.2 
 
 		 1001 aa  68.2  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  24.92 
 
 		 1062 aa  68.2  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  21.45 
 
 		 1039 aa  67  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  26.79 
 
 		 984 aa  66.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  22.04 
 
 		 951 aa  65.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.32 
 
 		 1049 aa  65.5  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  21.22 
 
 		 788 aa  65.1  0.000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  21.22 
 
 		 788 aa  65.1  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  26.09 
 
 		 988 aa  64.7  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  21.47 
 
 		 788 aa  63.9  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  27.88 
 
 		 1014 aa  63.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  27.61 
 
 		 999 aa  62.8  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  26.73 
 
 		 1015 aa  62  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  20.66 
 
 		 911 aa  60.5  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  28.37 
 
 		 997 aa  60.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  28.62 
 
 		 989 aa  60.1  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  27.58 
 
 		 1018 aa  59.3  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  28.09 
 
 		 997 aa  59.3  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  27.86 
 
 		 865 aa  59.7  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  29.35 
 
 		 908 aa  58.9  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  21.46 
 
 		 858 aa  58.5  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  21.18 
 
 		 858 aa  58.2  0.0000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  25.58 
 
 		 1016 aa  58.2  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  26.34 
 
 		 980 aa  58.2  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  21.65 
 
 		 919 aa  57.8  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1100 aa  57.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  22.83 
 
 		 997 aa  56.6  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  20.99 
 
 		 781 aa  57  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4407  ATP-dependent nuclease subunit B-like  30 
 
 		 1045 aa  55.5  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.57 
 
 		 1106 aa  52.8  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  20 
 
 		 781 aa  52.8  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  27.51 
 
 		 1000 aa  52.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  18.36 
 
 		 911 aa  51.2  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 		 1052 aa  51.2  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2513  ATP-dependent nuclease subunit B-like  31.48 
 
 		 1029 aa  50.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260712  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  29.19 
 
 		 986 aa  50.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0003  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  22.05 
 
 		 1099 aa  50.4  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  19.54 
 
 		 794 aa  50.4  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  25.65 
 
 		 990 aa  50.1  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4020  hypothetical protein  27.05 
 
 		 1079 aa  48.1  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3983  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1100 aa  48.1  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.588967  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  23.67 
 
 		 1077 aa  47.8  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3877  hypothetical protein  26.53 
 
 		 1151 aa  47.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1570  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  29.22 
 
 		 1043 aa  46.6  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.16 
 
 		 916 aa  47  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  19.68 
 
 		 803 aa  47  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1374  hypothetical protein  21.15 
 
 		 862 aa  46.2  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000886385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  21.44 
 
 		 872 aa  45.8  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1804  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.53 
 
 		 986 aa  45.8  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  24.94 
 
 		 913 aa  45.4  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2374  hypothetical protein  23.72 
 
 		 968 aa  45.1  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  24 
 
 		 957 aa  45.1  0.006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  24.56 
 
 		 1019 aa  45.4  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  28.7 
 
 		 322 aa  45.4  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>