80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2236 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  100 
 
 
322 aa  634    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2353  hypothetical protein  91.75 
 
 
303 aa  523  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.978382  normal  0.150681 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  58.95 
 
 
295 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  59.93 
 
 
320 aa  319  5e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  60.21 
 
 
286 aa  316  4e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  58.65 
 
 
333 aa  315  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  57.63 
 
 
299 aa  311  6.999999999999999e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  58.74 
 
 
351 aa  311  1e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  59.33 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  59.33 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  59.33 
 
 
277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  60.39 
 
 
297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  58.91 
 
 
311 aa  302  5.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  56.67 
 
 
291 aa  297  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  56.59 
 
 
267 aa  295  6e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  55.76 
 
 
304 aa  295  8e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  53.7 
 
 
278 aa  285  9e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  58.46 
 
 
334 aa  279  4e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  55.15 
 
 
294 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13930  RecB family exonuclease  51.71 
 
 
313 aa  273  3e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199879  normal  0.841258 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  55 
 
 
266 aa  273  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  53.52 
 
 
303 aa  272  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  52.46 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  55.78 
 
 
295 aa  264  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  51.71 
 
 
273 aa  259  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  49.61 
 
 
297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  50.79 
 
 
323 aa  256  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  51.7 
 
 
284 aa  255  7e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  49.06 
 
 
280 aa  248  8e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  44.31 
 
 
298 aa  218  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  38.34 
 
 
259 aa  144  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_39374  predicted protein  27.65 
 
 
366 aa  87  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 
1019 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0308  exonuclease-like protein  25.78 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000290112  hitchhiker  0.00000170332 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  28.9 
 
 
279 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  32.17 
 
 
276 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  25 
 
 
411 aa  71.6  0.00000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  29.43 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  27.8 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  30.57 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 
1052 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  29.5 
 
 
387 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  30.6 
 
 
287 aa  66.2  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4397  hypothetical protein  25.56 
 
 
615 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.272271 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  27.03 
 
 
286 aa  63.5  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  27.11 
 
 
306 aa  62.4  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  27.82 
 
 
312 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1310  hypothetical protein  20.68 
 
 
247 aa  57  0.0000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.251322  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0282  hypothetical protein  23.51 
 
 
279 aa  56.2  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2712  hypothetical protein  27.94 
 
 
543 aa  56.6  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000442298  hitchhiker  0.0000400817 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  29.23 
 
 
387 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5053  hypothetical protein  27.11 
 
 
267 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.609849 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  28.85 
 
 
387 aa  53.1  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  24.52 
 
 
263 aa  52.8  0.000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.31 
 
 
1106 aa  51.6  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  28.96 
 
 
387 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  24.36 
 
 
263 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  28.85 
 
 
387 aa  50.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  28.85 
 
 
387 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  28.85 
 
 
387 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 
1051 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 
1051 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  22.52 
 
 
276 aa  50.1  0.00005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 
1051 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  32.74 
 
 
991 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 
1076 aa  47.8  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  22.76 
 
 
1016 aa  47  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  28.52 
 
 
1038 aa  47  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  33.72 
 
 
284 aa  47  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  35.71 
 
 
1038 aa  47  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.95 
 
 
1061 aa  46.2  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  28.27 
 
 
962 aa  45.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  25.85 
 
 
781 aa  45.4  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  23.9 
 
 
379 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  37.5 
 
 
1057 aa  44.7  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1737  phage NTP-binding protein  25.85 
 
 
530 aa  43.5  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  35.87 
 
 
1164 aa  43.1  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  23.9 
 
 
1048 aa  43.1  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 
1134 aa  42.7  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 
1099 aa  42.4  0.01  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>