More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0514 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 293 aa  603  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  91.13 
 
 		 293 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  89.08 
 
 		 293 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  82.58 
 
 		 297 aa  475  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  80.77 
 
 		 289 aa  467  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  80.7 
 
 		 288 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  80.49 
 
 		 290 aa  461  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  59.72 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  57.82 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  57.82 
 
 		 296 aa  309  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  61.3 
 
 		 293 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  58.8 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  56.34 
 
 		 303 aa  301  9e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  56.34 
 
 		 303 aa  301  9e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  56.55 
 
 		 301 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  56.55 
 
 		 301 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  58.9 
 
 		 293 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  55.63 
 
 		 325 aa  291  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  56.14 
 
 		 292 aa  288  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  58.5 
 
 		 296 aa  288  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  51.54 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  52.96 
 
 		 290 aa  281  1e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  50.69 
 
 		 290 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  54.55 
 
 		 303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  50.88 
 
 		 293 aa  265  5e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  49.3 
 
 		 289 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  44.48 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  45.55 
 
 		 279 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  47.39 
 
 		 277 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  42.91 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  44.8 
 
 		 275 aa  208  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  43.42 
 
 		 281 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  41.82 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  43.36 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 		 267 aa  196  5.000000000000001e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  37.96 
 
 		 267 aa  193  3e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  39.35 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 		 268 aa  190  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  41.99 
 
 		 274 aa  189  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  41.95 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  41.01 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 281 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  38.57 
 
 		 277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  39.49 
 
 		 274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 281 aa  181  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  39.04 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  36.79 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  38.35 
 
 		 282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  40.78 
 
 		 280 aa  179  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 278 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  38.18 
 
 		 274 aa  178  8e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  36.2 
 
 		 278 aa  178  8e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  38.85 
 
 		 274 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  37.96 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  38.63 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  41.09 
 
 		 276 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 274 aa  177  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  40.64 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 274 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 277 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  40.99 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  38.99 
 
 		 276 aa  175  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.27 
 
 		 293 aa  175  9e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 276 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0205  diaminopimelate epimerase  37.77 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.834964  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  41.2 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4011  diaminopimelate epimerase  37.77 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  36.84 
 
 		 281 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0541  diaminopimelate epimerase  37.77 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 269 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 276 aa  172  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  37.54 
 
 		 279 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  34.67 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 269 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 269 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  34.88 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>