196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1063 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  100 
 
 		 1307 aa  2630    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  86.69 
 
 		 1303 aa  2214    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  32.12 
 
 		 1230 aa  582  1e-164  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  45.04 
 
 		 1346 aa  413  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  43.29 
 
 		 1085 aa  340  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  43.9 
 
 		 1091 aa  327  6e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  45.48 
 
 		 1088 aa  322  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  34.06 
 
 		 1223 aa  316  9.999999999999999e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  42.65 
 
 		 1091 aa  316  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  32.71 
 
 		 1227 aa  299  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  50.35 
 
 		 1226 aa  284  8.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  32.82 
 
 		 1219 aa  278  4e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  40.63 
 
 		 1224 aa  273  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  41.32 
 
 		 1223 aa  271  5.9999999999999995e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  32.76 
 
 		 1227 aa  255  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  32.41 
 
 		 1226 aa  253  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  40.84 
 
 		 1046 aa  239  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  40.51 
 
 		 1046 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  40.51 
 
 		 1046 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  40.51 
 
 		 1046 aa  238  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  32.71 
 
 		 1227 aa  238  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  40.51 
 
 		 1046 aa  238  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  41.84 
 
 		 1227 aa  238  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  39.08 
 
 		 1047 aa  235  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  38.77 
 
 		 1047 aa  234  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  38.77 
 
 		 1047 aa  234  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  38.77 
 
 		 1048 aa  234  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  38.77 
 
 		 1048 aa  234  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  38.77 
 
 		 1047 aa  234  7.000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  44.48 
 
 		 1234 aa  234  7.000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  31.15 
 
 		 1247 aa  234  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  40 
 
 		 1227 aa  234  7.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  38.46 
 
 		 1047 aa  233  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  41.98 
 
 		 1144 aa  232  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  52.09 
 
 		 1238 aa  232  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  38.77 
 
 		 1048 aa  231  8e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  50 
 
 		 1232 aa  229  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  41.41 
 
 		 1164 aa  226  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  51.17 
 
 		 1137 aa  225  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  43.64 
 
 		 1042 aa  224  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  44.66 
 
 		 1265 aa  224  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  46.22 
 
 		 1220 aa  222  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  46.22 
 
 		 1229 aa  222  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  46.22 
 
 		 1229 aa  222  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  47.01 
 
 		 1165 aa  221  8.999999999999998e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  45.78 
 
 		 1083 aa  215  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  29.59 
 
 		 1213 aa  209  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  37.97 
 
 		 1232 aa  196  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  37.37 
 
 		 1214 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  39.87 
 
 		 1047 aa  186  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  27.51 
 
 		 1211 aa  182  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  36.53 
 
 		 1214 aa  180  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  37.99 
 
 		 1214 aa  179  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  37.67 
 
 		 1214 aa  179  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  37.27 
 
 		 1214 aa  178  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  33.51 
 
 		 1244 aa  177  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  34.92 
 
 		 1155 aa  173  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  35 
 
 		 1211 aa  173  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  36.52 
 
 		 1214 aa  172  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  42.03 
 
 		 1308 aa  171  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  44.04 
 
 		 1101 aa  168  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  32.33 
 
 		 1182 aa  161  7e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  33.22 
 
 		 1248 aa  151  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  39.02 
 
 		 1248 aa  149  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  36.96 
 
 		 1248 aa  149  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  40.09 
 
 		 1280 aa  145  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  30.93 
 
 		 1245 aa  139  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  34.04 
 
 		 1247 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  36.74 
 
 		 1245 aa  135  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  42.61 
 
 		 1081 aa  119  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  40.1 
 
 		 1009 aa  114  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  45 
 
 		 1030 aa  112  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  39.75 
 
 		 953 aa  112  5e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  45.86 
 
 		 1025 aa  110  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  49.62 
 
 		 1013 aa  110  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  40 
 
 		 1291 aa  110  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  40.91 
 
 		 1020 aa  110  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  28.21 
 
 		 1018 aa  109  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  43.36 
 
 		 1018 aa  108  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  33.55 
 
 		 1018 aa  108  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  29.53 
 
 		 1018 aa  108  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  28.96 
 
 		 906 aa  107  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  43.07 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  43.8 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  106  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  27.37 
 
 		 1049 aa  105  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  28.52 
 
 		 1047 aa  105  7e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  105  7e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  41.28 
 
 		 1009 aa  105  7e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  41.28 
 
 		 1009 aa  105  7e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  30.45 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  43.07 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  43.07 
 
 		 1018 aa  104  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  36.96 
 
 		 881 aa  104  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  41.5 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  41.5 
 
 		 1029 aa  103  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  29.13 
 
 		 1029 aa  102  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>