More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0074 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  100 
 
 
253 aa  525  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  58.75 
 
 
259 aa  291  1e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  62.39 
 
 
263 aa  288  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  48.77 
 
 
236 aa  245  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  47.95 
 
 
236 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  47.95 
 
 
236 aa  243  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  47.54 
 
 
235 aa  235  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  45.9 
 
 
236 aa  234  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  46.5 
 
 
235 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  46.09 
 
 
235 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  45.68 
 
 
235 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  45.68 
 
 
235 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  44.67 
 
 
235 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  45.89 
 
 
235 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  43.03 
 
 
235 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  47.47 
 
 
235 aa  201  8e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  47.53 
 
 
238 aa  189  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 
254 aa  172  6.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  38.87 
 
 
242 aa  169  3e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
233 aa  168  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
243 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
234 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
239 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
248 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  37.45 
 
 
239 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.59 
 
 
241 aa  158  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  39.29 
 
 
252 aa  157  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
258 aa  157  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
234 aa  155  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
242 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
242 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
234 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.29 
 
 
244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
237 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 
244 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.78 
 
 
241 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  34.02 
 
 
242 aa  150  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
234 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.75 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  36.25 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  36.89 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
246 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
256 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  35.07 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
256 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
217 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.19 
 
 
229 aa  135  7.000000000000001e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  36.78 
 
 
232 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  36.92 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.04 
 
 
256 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
241 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
231 aa  129  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  40 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
244 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  33.47 
 
 
264 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  30.74 
 
 
219 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  29.92 
 
 
219 aa  93.2  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.94 
 
 
230 aa  88.6  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  28.85 
 
 
224 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  27.05 
 
 
219 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  28.93 
 
 
221 aa  86.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  27.98 
 
 
221 aa  85.5  7e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  33.68 
 
 
199 aa  84.7  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  27.72 
 
 
290 aa  84.7  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  27.16 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 
233 aa  82  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  26.91 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.1 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  26.75 
 
 
221 aa  79.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  26.86 
 
 
221 aa  79  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
232 aa  79  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  25.93 
 
 
221 aa  77.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
231 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.06 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
231 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
231 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.19 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.68 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.06 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 
223 aa  71.6  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  26.45 
 
 
221 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.17 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03161  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family superfamily (AFU_orthologue; AFUA_3G13450)  27.67 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.560163  normal  0.771081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.17 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  33.96 
 
 
221 aa  65.1  0.0000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  25.2 
 
 
221 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  26 
 
 
229 aa  63.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.53 
 
 
231 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>