92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0483 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  100 
 
 		 286 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  36.51 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  37.2 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  36.07 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  37 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  37.21 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  36.42 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  36.99 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  35.81 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  36.47 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  32.05 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  30.92 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  34.21 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  33.78 
 
 		 278 aa  108  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  29.79 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  32.43 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  33.64 
 
 		 273 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  32.59 
 
 		 264 aa  99.4  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  28.72 
 
 		 291 aa  89.7  6e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0860  Rhomboid family protein  26.55 
 
 		 250 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  28.42 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  30.35 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  25.49 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  30.58 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  25.79 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  28.38 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  29.27 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  28.33 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  37.41 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  28.33 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  24.48 
 
 		 267 aa  57  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  27.67 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  26.55 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  31.01 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  28.97 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  27.75 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  29.48 
 
 		 220 aa  54.7  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  27.27 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  30.18 
 
 		 263 aa  52.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  29.1 
 
 		 243 aa  52.4  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  30.52 
 
 		 212 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  30.17 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  28.32 
 
 		 220 aa  52  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.87 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  28.67 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  32.5 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  30.98 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  29.11 
 
 		 513 aa  49.7  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  32.5 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  23.57 
 
 		 326 aa  49.3  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  28.83 
 
 		 200 aa  48.9  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1812  hypothetical protein  25.94 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.515033  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  25.2 
 
 		 444 aa  48.9  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  30.43 
 
 		 197 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  32.5 
 
 		 229 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  29.26 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  30.67 
 
 		 198 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  29.45 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  25.74 
 
 		 365 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  29.36 
 
 		 237 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  26.77 
 
 		 227 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  33.12 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  33.12 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  33.12 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  33.12 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  28.22 
 
 		 218 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  29.03 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  28.08 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  30.45 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 190 aa  45.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  31.48 
 
 		 211 aa  44.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  31.82 
 
 		 277 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  35.29 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  28.9 
 
 		 211 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  25.93 
 
 		 190 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  24.87 
 
 		 248 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2653  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.541803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  25.59 
 
 		 284 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  28.57 
 
 		 216 aa  43.5  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  27.81 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  30.61 
 
 		 190 aa  43.5  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  27.37 
 
 		 246 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2217  Rhomboid family protein  25.67 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  24.66 
 
 		 249 aa  43.1  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  38.27 
 
 		 211 aa  42.7  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  29.14 
 
 		 246 aa  42.7  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  27.89 
 
 		 205 aa  42.4  0.008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  23.35 
 
 		 249 aa  42.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  25.19 
 
 		 203 aa  42.4  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  22.96 
 
 		 258 aa  42  0.01  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>