More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3574 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  83.29 
 
 
413 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  100 
 
 
413 aa  853    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  53.71 
 
 
415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  53.09 
 
 
415 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  51.46 
 
 
445 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 
419 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  51.97 
 
 
432 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
417 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  30.67 
 
 
391 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
415 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
415 aa  153  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
413 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
411 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 
417 aa  146  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
415 aa  145  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
417 aa  144  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.44 
 
 
415 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.3 
 
 
410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  28.39 
 
 
417 aa  133  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.57 
 
 
398 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
405 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  27.97 
 
 
411 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.89 
 
 
410 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
384 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.26 
 
 
402 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.6 
 
 
392 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.14 
 
 
402 aa  123  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  123  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  123  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
402 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
411 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  27.69 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.26 
 
 
403 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  27.21 
 
 
448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
397 aa  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
400 aa  116  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.04 
 
 
400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  26.39 
 
 
452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
402 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
399 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
399 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 
399 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
399 aa  114  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
399 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.6 
 
 
399 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.03 
 
 
399 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.03 
 
 
399 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
399 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
401 aa  112  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.34 
 
 
407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.23 
 
 
451 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 
397 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
402 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
387 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
398 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
408 aa  109  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
397 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.79 
 
 
412 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.93 
 
 
427 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  26.37 
 
 
443 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
398 aa  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
398 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
404 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  25.52 
 
 
450 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  26.57 
 
 
401 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
381 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
404 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
397 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.64 
 
 
451 aa  107  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
398 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
406 aa  106  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.24 
 
 
391 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
413 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
401 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.94 
 
 
393 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
393 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.38 
 
 
450 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.53 
 
 
404 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
410 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
414 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
409 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
401 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  28.14 
 
 
411 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.07 
 
 
396 aa  103  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
403 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  32.41 
 
 
405 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.02 
 
 
392 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  23.56 
 
 
402 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
450 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
414 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.25 
 
 
450 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  27.97 
 
 
418 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.47 
 
 
401 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>