More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0110 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
558 aa  1113  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  4.33742e-07  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  77.08 
 
 
598 aa  825  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  54.63 
 
 
587 aa  581  1e-164  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  45.9 
 
 
584 aa  399  1e-110  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  43.72 
 
 
596 aa  402  1e-110  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  1.31367e-05 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  43.18 
 
 
609 aa  399  1e-110  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  43.75 
 
 
573 aa  398  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  45.9 
 
 
584 aa  397  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.71492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  45.67 
 
 
584 aa  394  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 
568 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 
568 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  43.5 
 
 
578 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 
568 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  42.86 
 
 
604 aa  382  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  2.04813e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  43.71 
 
 
574 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  45.43 
 
 
586 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.14961e-10  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  43.64 
 
 
579 aa  375  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  1.54477e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  41.8 
 
 
557 aa  375  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  42.21 
 
 
720 aa  377  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  41.72 
 
 
570 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  39.57 
 
 
593 aa  375  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  1.74303e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  41.94 
 
 
570 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  44.87 
 
 
608 aa  374  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  40.78 
 
 
569 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  41.72 
 
 
570 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  41.41 
 
 
573 aa  372  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  40.78 
 
 
569 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  41.72 
 
 
570 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 
575 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  1.64989e-08  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  39.02 
 
 
574 aa  369  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  39.29 
 
 
569 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  37.91 
 
 
577 aa  365  1e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  42.99 
 
 
570 aa  363  3e-99  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  38.84 
 
 
582 aa  363  4e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  41.27 
 
 
591 aa  363  4e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  7.49746e-06  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  41.27 
 
 
588 aa  363  5e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  2.17401e-07  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  40.54 
 
 
577 aa  362  7e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  41.27 
 
 
592 aa  362  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 
571 aa  362  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  6.07618e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  39.7 
 
 
586 aa  361  2e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  1.35822e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 
577 aa  361  2e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  1.20876e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  40.34 
 
 
555 aa  361  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  9.68358e-07  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  360  3e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.5623e-06  hitchhiker  5.68585e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  360  4e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.14666e-06  unclonable  5.23034e-06 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  40.79 
 
 
565 aa  360  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
565 aa  359  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  359  7e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  8.79863e-07  unclonable  1.96055e-10 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  38.86 
 
 
566 aa  359  7e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
565 aa  359  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  40.65 
 
 
592 aa  358  1e-97  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  9.61926e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  40.79 
 
 
565 aa  358  1e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  38.69 
 
 
571 aa  358  1e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
589 aa  358  1e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  40.71 
 
 
555 aa  358  2e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.33831e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  40.71 
 
 
555 aa  358  2e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.84925e-08  unclonable  3.76809e-12 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
571 aa  357  2e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  39.95 
 
 
591 aa  358  2e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  1.67097e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  40.71 
 
 
555 aa  358  2e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46021e-06  unclonable  1.33254e-05 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  43.45 
 
 
562 aa  358  2e-97  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  40.71 
 
 
555 aa  358  2e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.89287e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  40.71 
 
 
555 aa  358  2e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.32225e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
577 aa  357  2e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  40.33 
 
 
567 aa  357  3e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  39.73 
 
 
557 aa  357  4e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.06931e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  39.59 
 
 
553 aa  357  4e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
570 aa  357  4e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  42.06 
 
 
559 aa  356  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
570 aa  357  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  356  6e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.96646e-07  unclonable  1.24259e-10 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
576 aa  356  6e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
576 aa  356  6e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  356  6e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.91049e-07  unclonable  7.52303e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  356  6e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.99699e-05  unclonable  3.39472e-05 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
576 aa  356  7e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 
555 aa  356  7e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  39.96 
 
 
576 aa  356  7e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  40.89 
 
 
589 aa  355  8e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  40.98 
 
 
547 aa  355  9e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  42.35 
 
 
504 aa  355  9e-97  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  1.73139e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  40.09 
 
 
566 aa  355  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  39.5 
 
 
557 aa  355  1e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  40.04 
 
 
555 aa  355  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.21785e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  40.37 
 
 
557 aa  354  2e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  41.36 
 
 
559 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  41.12 
 
 
559 aa  354  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  40.26 
 
 
555 aa  354  2e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.59988e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  354  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  41.36 
 
 
559 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  38.73 
 
 
597 aa  354  2e-96  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  39.91 
 
 
562 aa  354  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  39.74 
 
 
570 aa  355  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  40.74 
 
 
595 aa  353  4e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  40.76 
 
 
561 aa  353  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>