More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_0538 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  64.48 
 
 		 322 aa  379  1e-104  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  64.51 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  55.16 
 
 		 282 aa  316  3e-85  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.04 
 
 		 333 aa  299  3e-80  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.04 
 
 		 333 aa  298  6e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.04 
 
 		 333 aa  298  6e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  51.72 
 
 		 310 aa  293  4e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.34 
 
 		 359 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.92 
 
 		 338 aa  280  2e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.36 
 
 		 331 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  47.75 
 
 		 321 aa  268  8e-71  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.18 
 
 		 331 aa  249  3e-65  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.79 
 
 		 331 aa  249  4e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.02 
 
 		 331 aa  244  9e-64  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.05 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  44.22 
 
 		 332 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.06 
 
 		 335 aa  241  9e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.25 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  42.66 
 
 		 481 aa  223  4e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.52 
 
 		 286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  40.96 
 
 		 503 aa  215  8e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  40.07 
 
 		 475 aa  213  2.9999999999999995e-54  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  46.49 
 
 		 251 aa  212  7e-54  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  38.44 
 
 		 484 aa  206  3e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.54 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  39.73 
 
 		 411 aa  198  9e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  43.78 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.44 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  40.07 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.23 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.2 
 
 		 343 aa  180  2e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  33.67 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32.2 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  31.42 
 
 		 309 aa  116  6e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  35.78 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  32.11 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  32.81 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  31.14 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  32.41 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  30.77 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35.24 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  32.41 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.24 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  34.93 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 		 249 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.58 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  32.39 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  26.07 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  34.93 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  34.33 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  34.75 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  28.8 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  33.85 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  29.7 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  34.25 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  32.2 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  31.2 
 
 		 307 aa  105  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  35.68 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  25.74 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  30.56 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  32.78 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  28.62 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  33.47 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  30.08 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  29.7 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  30.5 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  34.06 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  32.68 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  34.02 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  30.08 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  28.63 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  30.08 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  31.27 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  35.23 
 
 		 289 aa  102  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  28.46 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  28.91 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  30.07 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>