More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3715 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  48.62 
 
 		 709 aa  670    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  48.55 
 
 		 726 aa  642    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  47.51 
 
 		 735 aa  636    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  52.02 
 
 		 750 aa  764    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  57.51 
 
 		 825 aa  889    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  100 
 
 		 795 aa  1622    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  49.55 
 
 		 702 aa  630  1e-179  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  43.89 
 
 		 742 aa  630  1e-179  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  48.12 
 
 		 718 aa  622  1e-177  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  46.46 
 
 		 705 aa  607  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  40.91 
 
 		 791 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  39.14 
 
 		 762 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  42.76 
 
 		 751 aa  515  1e-144  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  40.35 
 
 		 791 aa  510  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  39.25 
 
 		 795 aa  508  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  38.61 
 
 		 794 aa  503  1e-141  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  38.74 
 
 		 770 aa  492  1e-137  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  37.85 
 
 		 795 aa  489  1e-136  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  40.47 
 
 		 706 aa  475  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.43 
 
 		 812 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.35 
 
 		 808 aa  463  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.35 
 
 		 806 aa  463  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.22 
 
 		 808 aa  463  1e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.22 
 
 		 804 aa  462  1e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.35 
 
 		 810 aa  462  1e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.22 
 
 		 808 aa  463  1e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.35 
 
 		 806 aa  465  1e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.28 
 
 		 792 aa  463  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.35 
 
 		 806 aa  462  1e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.09 
 
 		 814 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  38.23 
 
 		 706 aa  457  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  38.74 
 
 		 716 aa  456  1e-127  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.22 
 
 		 716 aa  457  1e-127  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  37.5 
 
 		 758 aa  457  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.77 
 
 		 759 aa  458  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.55 
 
 		 762 aa  458  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.79 
 
 		 763 aa  452  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  36.83 
 
 		 788 aa  452  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  35.95 
 
 		 792 aa  447  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  37.8 
 
 		 751 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.65 
 
 		 709 aa  436  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  37.66 
 
 		 751 aa  433  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.73 
 
 		 752 aa  435  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  36.73 
 
 		 715 aa  434  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.48 
 
 		 770 aa  431  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  37.07 
 
 		 763 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  34.45 
 
 		 790 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  34.45 
 
 		 790 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  37.34 
 
 		 863 aa  426  1e-118  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  38.42 
 
 		 903 aa  425  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  38.07 
 
 		 757 aa  421  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  37.8 
 
 		 766 aa  417  9.999999999999999e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.46 
 
 		 777 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  36.26 
 
 		 722 aa  412  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  34.31 
 
 		 705 aa  404  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.56 
 
 		 737 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  33.72 
 
 		 808 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.96 
 
 		 737 aa  398  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  34.52 
 
 		 720 aa  395  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  32.75 
 
 		 801 aa  390  1e-107  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  35.92 
 
 		 813 aa  392  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.55 
 
 		 937 aa  392  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.25 
 
 		 876 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  34.11 
 
 		 817 aa  389  1e-107  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.62 
 
 		 710 aa  387  1e-106  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.41 
 
 		 828 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.41 
 
 		 758 aa  386  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.13 
 
 		 857 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.51 
 
 		 808 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.27 
 
 		 857 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.47 
 
 		 710 aa  385  1e-105  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  37.73 
 
 		 704 aa  384  1e-105  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.27 
 
 		 857 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.38 
 
 		 808 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  33.33 
 
 		 736 aa  385  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  33.25 
 
 		 809 aa  385  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  33.93 
 
 		 749 aa  382  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  35.7 
 
 		 726 aa  382  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  35.56 
 
 		 726 aa  382  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  34.3 
 
 		 805 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.52 
 
 		 870 aa  381  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.56 
 
 		 876 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  33.89 
 
 		 859 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.01 
 
 		 807 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  35.33 
 
 		 1182 aa  381  1e-104  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  33.72 
 
 		 813 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  34.15 
 
 		 708 aa  380  1e-104  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.99 
 
 		 877 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.24 
 
 		 861 aa  379  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  34.01 
 
 		 819 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  33.33 
 
 		 817 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  33.57 
 
 		 813 aa  379  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  33.61 
 
 		 907 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  33.16 
 
 		 833 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  33.85 
 
 		 827 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>