More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3829 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 237 aa  490  9.999999999999999e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 223 aa  161  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  32.91 
 
 		 251 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.05 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.74 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 247 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  30.64 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  30.64 
 
 		 241 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  28.15 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  28.77 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.36 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 232 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  36.32 
 
 		 222 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  28.57 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  31.93 
 
 		 258 aa  99  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  31.96 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  30.8 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  32.59 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  27.31 
 
 		 253 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  27.31 
 
 		 253 aa  96.3  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  32.32 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  28.96 
 
 		 266 aa  95.5  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 255 aa  95.1  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.93 
 
 		 240 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 241 aa  94.4  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.26 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  31.73 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 233 aa  94.4  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  30.38 
 
 		 249 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.44 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 254 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  30.4 
 
 		 240 aa  93.2  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  30.34 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  28.28 
 
 		 255 aa  92.8  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.59 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  31.86 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  31.48 
 
 		 245 aa  92  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  29.91 
 
 		 249 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.96 
 
 		 240 aa  91.7  9e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 274 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  30.77 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3833  GntR domain protein  31.73 
 
 		 279 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4910  GntR domain protein  31.73 
 
 		 279 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.393149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.8 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  29.55 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  29.55 
 
 		 255 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  26.58 
 
 		 249 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  26.58 
 
 		 249 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  31.69 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  26.72 
 
 		 235 aa  89  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  29.79 
 
 		 254 aa  89  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.26 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.91 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 255 aa  88.2  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  30.34 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 247 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  31.06 
 
 		 278 aa  87.8  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  31.06 
 
 		 254 aa  87.8  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  31.42 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.91 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  31.06 
 
 		 254 aa  87.8  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  29.36 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  27.35 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  27.9 
 
 		 278 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  38.56 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  30.34 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  29.06 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  30.29 
 
 		 242 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.58 
 
 		 261 aa  87.4  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  32.67 
 
 		 254 aa  87  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.47 
 
 		 258 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 251 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  27.66 
 
 		 248 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  86.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 231 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  33 
 
 		 240 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.36 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  27.35 
 
 		 244 aa  85.9  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 248 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 268 aa  85.5  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  26.72 
 
 		 234 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>