More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1994 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  100 
 
 
240 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  72.34 
 
 
237 aa  345  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  71.91 
 
 
237 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
239 aa  342  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  70.46 
 
 
240 aa  338  4e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  58.58 
 
 
266 aa  278  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  53.85 
 
 
248 aa  248  7e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  40.87 
 
 
238 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
238 aa  165  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
238 aa  165  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
238 aa  165  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  36.56 
 
 
245 aa  159  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  42.31 
 
 
238 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
247 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  38.33 
 
 
248 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  38.18 
 
 
244 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  38.86 
 
 
287 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
240 aa  148  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  37.61 
 
 
239 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  39.42 
 
 
238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 
234 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  36.56 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2694  GntR domain-containing protein  40.84 
 
 
192 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2054  GntR-like  40.84 
 
 
192 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  35.27 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2665  GntR domain-containing protein  40.84 
 
 
192 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0746  GntR-like protein  42.41 
 
 
241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  35.32 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  35.32 
 
 
244 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  36.21 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  31.34 
 
 
228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  37.82 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2131  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
247 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  40.28 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1867  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
245 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  38.34 
 
 
261 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  37.05 
 
 
250 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  34.62 
 
 
256 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  35.16 
 
 
261 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  35.96 
 
 
239 aa  121  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2414  GntR domain-containing protein  37.79 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4144  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278058  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3082  GntR domain-containing protein  37.38 
 
 
241 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0951451 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  35.38 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0632  GntR domain-containing protein  38.92 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  33.64 
 
 
229 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  33.64 
 
 
229 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  33.64 
 
 
229 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5052  transcriptional regulator  31.36 
 
 
242 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.259786  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5993  GntR family transcriptional regulator  39.88 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127437 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 
229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1899  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.671252  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  31.92 
 
 
235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  32.31 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  35.86 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0022  GntR domain protein  33.18 
 
 
232 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 
234 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
234 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 
234 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  33.78 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3616  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
252 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.760095 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4786  GntR domain protein  33.48 
 
 
268 aa  108  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3478  GntR domain protein  33.18 
 
 
251 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.554366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0041  GntR domain-containing protein  31.75 
 
 
252 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 
250 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
230 aa  105  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1259  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.268862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1016  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.181354  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1974  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0150  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0405244  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1821  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746086  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 
244 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1742  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3766  GntR domain protein  33.33 
 
 
251 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 
238 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2512  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
239 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.289571  normal  0.109373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 
238 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  29.95 
 
 
228 aa  102  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3641  GntR domain protein  31.75 
 
 
238 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.716857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5298  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 
232 aa  102  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
230 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1682  GntR domain-containing protein  30.43 
 
 
238 aa  101  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.119908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0940  GntR domain protein  33.02 
 
 
239 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.120535  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  29.49 
 
 
230 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  29.49 
 
 
230 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 
230 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>