183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0875 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0875  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
636 aa  1317    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000412559  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0191  glycoside hydrolase family protein  45.91 
 
 
512 aa  437  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3228  glycoside hydrolase family protein  33.2 
 
 
563 aa  266  1e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00674596  normal  0.0120766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4322  glycoside hydrolase family protein  32.73 
 
 
581 aa  262  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1143  Alpha-L-arabinofuranosidase  32.21 
 
 
523 aa  249  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0289  xylan 1,4-beta-xylosidase  32.15 
 
 
532 aa  246  9e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000021727  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3398  glycoside hydrolase family protein  32.95 
 
 
514 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740676  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3438  glycoside hydrolase family 43  33.46 
 
 
519 aa  244  3e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990127  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1616  alpha-L-arabinofuranosidase  30.14 
 
 
550 aa  241  4e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2518  glycoside hydrolase family protein  31.44 
 
 
516 aa  239  9e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0936  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.93 
 
 
546 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.789253 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3011  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.87 
 
 
538 aa  226  8e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1400  glycoside hydrolase family 43  30.25 
 
 
517 aa  226  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.587173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1423  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.31 
 
 
558 aa  222  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.423704 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2318  alpha-N-arabinofuranosidase  31.59 
 
 
512 aa  223  9.999999999999999e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3545  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.41 
 
 
547 aa  218  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0270111  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0598  Alpha-L-arabinofuranosidase  29.03 
 
 
577 aa  215  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2028  glycoside hydrolase family protein  31.2 
 
 
498 aa  213  9e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03855  xylosidase; arabinosidase  29.5 
 
 
556 aa  209  9e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0848  Beta-xylosidase  30.74 
 
 
552 aa  207  4e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.168219  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3599  glycoside hydrolase family 43  30.88 
 
 
497 aa  207  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0127437  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1710  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.25 
 
 
541 aa  206  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.783601  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1878  beta-xylosidase  29.31 
 
 
539 aa  205  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1655  translation initiation factor IF-1  30.6 
 
 
566 aa  205  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0976225  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3334  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.09 
 
 
536 aa  203  7e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.783434  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07864  conserved hypothetical protein  29.06 
 
 
540 aa  203  8e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0157749  normal  0.535242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0457  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.42 
 
 
539 aa  203  9e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0354643 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2699  glycoside hydrolase family 43  31.09 
 
 
496 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.276179  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3569  glycoside hydrolase family 43  30.97 
 
 
484 aa  202  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0058203  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3048  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.12 
 
 
515 aa  197  6e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0608814  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2996  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.6 
 
 
559 aa  196  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4681  glycoside hydrolase family protein  33.93 
 
 
492 aa  196  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.026787  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2090  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.6 
 
 
537 aa  194  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00759162  normal  0.572245 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2504  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.94 
 
 
558 aa  194  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2409  hypothetical protein  28.12 
 
 
541 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2329  Xylan 1,4-beta-xylosidase  27.96 
 
 
537 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80101  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0842  Alpha-L-arabinofuranosidase  29.26 
 
 
546 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122484  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1291  Beta-xylosidase  29.08 
 
 
553 aa  180  9e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3880  glycoside hydrolase family protein  27.29 
 
 
571 aa  179  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3811  glycoside hydrolase family 43  29.98 
 
 
535 aa  179  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0430  glycoside hydrolase family 43  30.67 
 
 
497 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.710686 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08477  xylosidase : arabinofuranosidase (AFU_orthologue; AFUA_2G13190)  28.47 
 
 
546 aa  178  3e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2914  glycoside hydrolase family protein  30.73 
 
 
547 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3622  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.5 
 
 
540 aa  177  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.573352  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2532  glycoside hydrolase family 43  32.76 
 
 
586 aa  175  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2459  Xylan 1,4-beta-xylosidase  30.73 
 
 
488 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0431  glycoside hydrolase family protein  36.55 
 
 
451 aa  173  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06751  glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06110)  32.29 
 
 
591 aa  166  1.0000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.326162 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20520  beta-xylosidase  28.67 
 
 
542 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129044  normal  0.254652 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1435  glycoside hydrolase family 43  31.28 
 
 
545 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3042  twin-arginine translocation pathway signal  29.93 
 
 
537 aa  162  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.351967  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21180  beta-xylosidase  32.87 
 
 
526 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.166078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4021  glycoside hydrolase family protein  31.55 
 
 
537 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.701147 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0700  glycoside hydrolase family 43  26.7 
 
 
522 aa  156  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0935  glycoside hydrolase family 43  26.42 
 
 
522 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4249  glycoside hydrolase family protein  28.68 
 
 
532 aa  152  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158619  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3531  glycoside hydrolase family 43  30.48 
 
 
511 aa  151  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.185955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2108  glycoside hydrolase family 43  30.89 
 
 
650 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000141623  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1150  glycoside hydrolase family 43  30.35 
 
 
560 aa  148  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3522  glycoside hydrolase family protein  29.88 
 
 
534 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653851  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2632  glycoside hydrolase family protein  29.81 
 
 
543 aa  146  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0211688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3351  glycoside hydrolase family 43  28.7 
 
 
522 aa  145  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0501  glycoside hydrolase family 43  27.18 
 
 
525 aa  144  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1500  glycoside hydrolase family 43  27.77 
 
 
551 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4788  Xylan 1,4-beta-xylosidase  28.06 
 
 
562 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771274  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1233  Carbohydrate binding family 6  27.17 
 
 
746 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.555313  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5511  glycoside hydrolase family 43  28.32 
 
 
536 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0274092 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03261  xylosidase  35.27 
 
 
365 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.687612  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2413  glycoside hydrolase family protein  28.31 
 
 
521 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.333908  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4289  glycoside hydrolase family protein  31.77 
 
 
572 aa  130  8.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3718  glycoside hydrolase family protein  28.43 
 
 
504 aa  130  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456589  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2114  glycoside hydrolase family 43  25.66 
 
 
518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.554254  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3237  glycoside hydrolase family protein  26.5 
 
 
1195 aa  124  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.414155 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  26.46 
 
 
1474 aa  120  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29240  beta-xylosidase  27.39 
 
 
527 aa  120  7e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1257  glycoside hydrolase family 43  25.81 
 
 
500 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0182  glycoside hydrolase family 43  31.16 
 
 
1338 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1420  glycoside hydrolase family 43  28.5 
 
 
530 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.394008  normal  0.931127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  23.96 
 
 
1585 aa  109  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1251  glycoside hydrolase family protein  25.55 
 
 
665 aa  108  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3875  glycoside hydrolase family protein  27.78 
 
 
518 aa  106  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  25.4 
 
 
501 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  28.76 
 
 
522 aa  97.8  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  24.62 
 
 
691 aa  97.1  8e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07275  xylosidase/glycosyl hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00930)  24.94 
 
 
503 aa  95.9  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000188631  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1879  beta-xylosidase  24.8 
 
 
590 aa  95.5  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2639  glycoside hydrolase family 43  27.74 
 
 
472 aa  94.7  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431626  normal  0.0143862 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1068  glycoside hydrolase family 43  25.86 
 
 
797 aa  94.4  6e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000256501  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  27.19 
 
 
537 aa  94.4  6e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3618  glycoside hydrolase family protein  25.6 
 
 
508 aa  93.2  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000797588  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  26.54 
 
 
524 aa  92.4  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  28.66 
 
 
503 aa  90.9  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0650  glycoside hydrolase family 43  27.57 
 
 
495 aa  90.1  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0713148  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3302  glycoside hydrolase family 43  23.9 
 
 
532 aa  90.1  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00567592  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01043  conserved hypothetical protein  39.2 
 
 
343 aa  77.4  0.0000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  30.13 
 
 
304 aa  74.7  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  28.38 
 
 
345 aa  73.2  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2971  glycoside hydrolase family 43  25.28 
 
 
855 aa  73.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0529993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0946  SecY protein  28.69 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.409307  hitchhiker  0.0000724629 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  24.01 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>