More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0058 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
539 aa  1107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  77.28 
 
 
540 aa  869  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  77.69 
 
 
519 aa  845  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.66 
 
 
526 aa  645  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  61.79 
 
 
540 aa  687  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  61.6 
 
 
538 aa  692  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  65.24 
 
 
538 aa  700  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  59.66 
 
 
527 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  59.66 
 
 
527 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  59.85 
 
 
527 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  59.66 
 
 
527 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  59.85 
 
 
527 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  54.5 
 
 
545 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  54.31 
 
 
545 aa  612  1e-174  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  54.25 
 
 
536 aa  578  1e-164  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  50.76 
 
 
535 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  53.33 
 
 
527 aa  546  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  50.67 
 
 
537 aa  543  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  48.79 
 
 
537 aa  534  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  50.38 
 
 
535 aa  534  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  50.1 
 
 
513 aa  528  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  49.62 
 
 
536 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  49.23 
 
 
536 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  49.14 
 
 
537 aa  524  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  49.6 
 
 
509 aa  514  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 
520 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  38.49 
 
 
513 aa  351  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
525 aa  343  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 
519 aa  340  3e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  36.61 
 
 
529 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 
529 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  35.84 
 
 
529 aa  320  4e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 
529 aa  308  2e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  35.5 
 
 
518 aa  304  3e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  3.12198e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  34.97 
 
 
526 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  34.92 
 
 
522 aa  290  5e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  35.98 
 
 
535 aa  287  3e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 
535 aa  286  6e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  37.55 
 
 
527 aa  278  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  34.46 
 
 
512 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
535 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  35.53 
 
 
496 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  34.33 
 
 
511 aa  263  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  32.81 
 
 
534 aa  263  6e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 
534 aa  261  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
534 aa  255  1e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.13 
 
 
516 aa  248  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  32.21 
 
 
538 aa  229  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  31.65 
 
 
532 aa  223  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.33 
 
 
516 aa  221  2e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
515 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
513 aa  198  2e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  29.08 
 
 
538 aa  192  9e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 
533 aa  188  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
517 aa  183  7e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
517 aa  181  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  29.74 
 
 
514 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 
502 aa  174  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 
517 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
524 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 
555 aa  167  7e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 
503 aa  155  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
523 aa  154  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 
526 aa  150  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
561 aa  146  8e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 
554 aa  146  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
543 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
543 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
529 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.36 
 
 
535 aa  143  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.73 
 
 
554 aa  143  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 
522 aa  143  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.57 
 
 
513 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
505 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  25.2 
 
 
527 aa  138  3e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 
534 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
510 aa  136  1e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.34 
 
 
510 aa  136  1e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.9 
 
 
521 aa  136  1e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5711  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 
550 aa  135  2e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 
521 aa  135  2e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0750  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.99 
 
 
559 aa  135  2e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 
505 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
550 aa  134  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 
495 aa  134  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
516 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 
522 aa  132  1e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 
524 aa  132  1e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5706  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 
552 aa  132  1e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.47815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  27.78 
 
 
526 aa  131  4e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.73 
 
 
529 aa  130  7e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.92 
 
 
525 aa  129  9e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4848  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.95 
 
 
539 aa  129  1e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.227052  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 
519 aa  129  1e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
495 aa  129  1e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
534 aa  129  1e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.55 
 
 
509 aa  129  1e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 
529 aa  128  2e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
527 aa  129  2e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
511 aa  128  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>