279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_0021 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_0021  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 465 aa  931    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2650  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.32 
 
 		 498 aa  275  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.98 
 
 		 480 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  32.92 
 
 		 477 aa  242  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 477 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 477 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 477 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  32.78 
 
 		 477 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.3 
 
 		 491 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  32.58 
 
 		 477 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  32.79 
 
 		 475 aa  232  9e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.79 
 
 		 475 aa  232  9e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.47 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  31.07 
 
 		 478 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  31.34 
 
 		 477 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  31.75 
 
 		 477 aa  231  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  31.26 
 
 		 477 aa  230  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  31.96 
 
 		 477 aa  229  9e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  30.12 
 
 		 487 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1938  RNA polymerase, sigma 54/sigma 60 factor  32.32 
 
 		 485 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.93 
 
 		 472 aa  222  9e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.54 
 
 		 508 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  32.16 
 
 		 493 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  32.66 
 
 		 478 aa  222  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  31.13 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  31.13 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  31.15 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  29.98 
 
 		 491 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  30.3 
 
 		 489 aa  221  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  30.93 
 
 		 477 aa  221  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  31.32 
 
 		 511 aa  221  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  31.68 
 
 		 492 aa  219  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  31.19 
 
 		 499 aa  218  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  31.09 
 
 		 503 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 513 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 513 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 502 aa  216  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 502 aa  216  7e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 502 aa  216  7e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2166  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.49 
 
 		 482 aa  216  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  28.6 
 
 		 505 aa  215  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  30.69 
 
 		 502 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  30.04 
 
 		 507 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  29.48 
 
 		 511 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  30.5 
 
 		 513 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3685  RNA polymerase factor sigma-54  33.15 
 
 		 435 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  30.28 
 
 		 488 aa  213  7.999999999999999e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  30.95 
 
 		 503 aa  213  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  29.28 
 
 		 497 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  29.35 
 
 		 464 aa  212  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  31.02 
 
 		 513 aa  212  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  29.35 
 
 		 464 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  29.48 
 
 		 497 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1887  RNA polymerase sigma-54 factor  29.55 
 
 		 481 aa  210  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  29.48 
 
 		 497 aa  211  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  31.72 
 
 		 501 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  30.12 
 
 		 482 aa  210  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2992  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.3 
 
 		 470 aa  210  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  29.45 
 
 		 497 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1618  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.07 
 
 		 453 aa  209  6e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  29.61 
 
 		 487 aa  209  6e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  31.71 
 
 		 498 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  30.49 
 
 		 505 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  31.71 
 
 		 498 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  31.53 
 
 		 501 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  31.3 
 
 		 501 aa  209  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  29.25 
 
 		 497 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  30.16 
 
 		 489 aa  209  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  29.25 
 
 		 497 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  31.99 
 
 		 503 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  29.14 
 
 		 489 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  28.32 
 
 		 493 aa  207  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  31.11 
 
 		 501 aa  207  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  28.92 
 
 		 488 aa  207  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  31.79 
 
 		 501 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1513  RNA polymerase factor sigma-54  26.53 
 
 		 461 aa  206  6e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  31.49 
 
 		 505 aa  206  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  29.28 
 
 		 497 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  30.56 
 
 		 502 aa  206  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2069  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  31.15 
 
 		 488 aa  206  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.349645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3140  RNA polymerase factor sigma-54  38.67 
 
 		 435 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.4 
 
 		 497 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.52 
 
 		 474 aa  204  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2755  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.49 
 
 		 494 aa  204  4e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378984  normal  0.0333913 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  32.32 
 
 		 490 aa  203  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0954  RNA polymerase factor sigma-54  34.17 
 
 		 474 aa  203  5e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  29.96 
 
 		 521 aa  203  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.35 
 
 		 510 aa  203  7e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0261  sigma-54 (RpoN)  33.26 
 
 		 461 aa  202  8e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.84 
 
 		 456 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1303  RNA polymerase factor sigma-54  26.11 
 
 		 461 aa  202  8e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.357078  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  32.87 
 
 		 491 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0427  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  30.58 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00518389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>