More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4423 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  60.86 
 
 
532 aa  643    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  61.77 
 
 
532 aa  647    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  61.42 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  66.54 
 
 
535 aa  686    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.77 
 
 
530 aa  642    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.94 
 
 
533 aa  647    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.61 
 
 
532 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  63.86 
 
 
567 aa  655    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
537 aa  1089    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  69.48 
 
 
531 aa  744    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  63.47 
 
 
527 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  63.47 
 
 
527 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.42 
 
 
532 aa  648    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.11 
 
 
538 aa  648    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  75.7 
 
 
535 aa  820    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.66 
 
 
531 aa  749    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  61.77 
 
 
532 aa  647    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.77 
 
 
532 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.13 
 
 
533 aa  651    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.3 
 
 
604 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.76 
 
 
538 aa  647    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  64.38 
 
 
531 aa  660    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.3 
 
 
538 aa  650    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  61.05 
 
 
532 aa  644    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  64.51 
 
 
532 aa  662    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.11 
 
 
544 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  58.72 
 
 
530 aa  609  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  56.77 
 
 
576 aa  606  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.84 
 
 
566 aa  607  9.999999999999999e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  58.24 
 
 
527 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  58.9 
 
 
525 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  58.83 
 
 
529 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
451 aa  180  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.07 
 
 
458 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.07 
 
 
458 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0776  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
480 aa  168  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.27 
 
 
579 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.27 
 
 
449 aa  167  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.07 
 
 
458 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
456 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.02 
 
 
449 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.24 
 
 
454 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
446 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 
387 aa  165  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 
453 aa  164  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.62 
 
 
451 aa  164  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1965  response regulatory protein, sigma 54 related  37.19 
 
 
384 aa  164  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0275961  normal  0.129103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
465 aa  163  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3149  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.1 
 
 
495 aa  163  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.4 
 
 
484 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2876  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.4 
 
 
496 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0022159  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.74 
 
 
772 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1042  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.54 
 
 
465 aa  161  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000166307  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  38.27 
 
 
515 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.74 
 
 
455 aa  161  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.77 
 
 
496 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0214  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.49 
 
 
495 aa  161  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308761  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
494 aa  161  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2622  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.12 
 
 
452 aa  161  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.788991  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.21 
 
 
477 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569936  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3097  two component Fis family transcriptional regulator  39.11 
 
 
535 aa  160  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.14 
 
 
457 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01515  rteB, two-component system response regulator  30.56 
 
 
478 aa  161  4e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0452402  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.36 
 
 
455 aa  160  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.08 
 
 
463 aa  160  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 
450 aa  160  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3751  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.64 
 
 
441 aa  160  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.96 
 
 
455 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.48 
 
 
458 aa  160  6e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.41 
 
 
449 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1713  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.94 
 
 
460 aa  160  7e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.21 
 
 
477 aa  160  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.15 
 
 
461 aa  160  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.45 
 
 
457 aa  159  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40 
 
 
772 aa  159  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.36 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.36 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.36 
 
 
455 aa  159  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.46 
 
 
466 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.08 
 
 
457 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.38 
 
 
461 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 
458 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  38.93 
 
 
476 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  41.15 
 
 
461 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
461 aa  159  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  41.15 
 
 
461 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.98 
 
 
455 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
457 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.15 
 
 
461 aa  159  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1492  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.77 
 
 
569 aa  159  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.15 
 
 
461 aa  159  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
457 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2341  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.66 
 
 
450 aa  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.17 
 
 
487 aa  158  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  35.42 
 
 
446 aa  158  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1827  helix-turn-helix, Fis-type  38.82 
 
 
465 aa  158  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.67 
 
 
464 aa  158  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  36.8 
 
 
448 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2764  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.24 
 
 
466 aa  158  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.96 
 
 
353 aa  158  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>