More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3703 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.53 
 
 		 544 aa  674    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632099 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  96.62 
 
 		 532 aa  1060    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  96.62 
 
 		 532 aa  1058    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  96.24 
 
 		 532 aa  1058    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  96.62 
 
 		 532 aa  1060    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  100 
 
 		 532 aa  1094    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  72.9 
 
 		 535 aa  780    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.92 
 
 		 538 aa  699    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  84.06 
 
 		 527 aa  929    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  60.86 
 
 		 537 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  83.87 
 
 		 527 aa  928    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  96.43 
 
 		 532 aa  1059    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  66.6 
 
 		 533 aa  724    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.17 
 
 		 530 aa  652    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  63.86 
 
 		 567 aa  699    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  60.08 
 
 		 525 aa  665    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  96.24 
 
 		 530 aa  1050    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  57.63 
 
 		 531 aa  635    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  61.39 
 
 		 529 aa  665    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  59.89 
 
 		 527 aa  661    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.25 
 
 		 566 aa  640    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.72 
 
 		 604 aa  705    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  96.62 
 
 		 532 aa  1060    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.3 
 
 		 538 aa  704    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  67.49 
 
 		 533 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  68.11 
 
 		 531 aa  728    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.72 
 
 		 538 aa  705    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  67.74 
 
 		 532 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  60.94 
 
 		 535 aa  643    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  96.62 
 
 		 532 aa  1060    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  59.4 
 
 		 531 aa  633  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  55.65 
 
 		 576 aa  611  9.999999999999999e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 451 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.66 
 
 		 462 aa  172  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.86 
 
 		 454 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1959  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 493 aa  171  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.97 
 
 		 476 aa  170  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.12 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.29 
 
 		 457 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.67 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3203  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.71 
 
 		 493 aa  168  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  39.43 
 
 		 470 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 462 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.81 
 
 		 449 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  36.46 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2536  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.27 
 
 		 477 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  36.46 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  36.46 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  36.46 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.72 
 
 		 772 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  36.46 
 
 		 445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2753  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.53 
 
 		 496 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3356  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35 
 
 		 484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2980  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.53 
 
 		 496 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 458 aa  164  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.41 
 
 		 466 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  36.33 
 
 		 688 aa  164  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  30.81 
 
 		 512 aa  164  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2876  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 		 496 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.0022159  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0294  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 455 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.58 
 
 		 458 aa  163  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.32 
 
 		 466 aa  163  9e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6393  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 455 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  31.5 
 
 		 439 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.04 
 
 		 455 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  35.93 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  41.1 
 
 		 547 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  35.93 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5645  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 455 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  0.173621 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  35.93 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0355  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.21 
 
 		 455 aa  162  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0311  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 455 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0298  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 455 aa  162  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0326  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 455 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.3 
 
 		 496 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2494  response regulator receiver protein  36.01 
 
 		 452 aa  161  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 494 aa  161  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35 
 
 		 594 aa  161  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0358  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.21 
 
 		 455 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  38.52 
 
 		 572 aa  161  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0161309 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  35.56 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 467 aa  161  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0214  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.56 
 
 		 495 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308761  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 458 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 458 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 		 582 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.69 
 
 		 461 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.69 
 
 		 461 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2764  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 466 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 461 aa  160  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4948  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.55 
 
 		 455 aa  160  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0400  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.21 
 
 		 455 aa  160  6e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0351818  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.25 
 
 		 575 aa  160  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3149  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 495 aa  160  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0143098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2708  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 468 aa  160  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>