More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3203 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3203  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
493 aa  1015    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.54 
 
 
491 aa  524  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1701  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.39 
 
 
514 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1811  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.43 
 
 
474 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.053001 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.4 
 
 
496 aa  478  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1257  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.13 
 
 
503 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.110832  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.09 
 
 
512 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2025  response regulator receiver protein  39.03 
 
 
500 aa  336  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.423552  hitchhiker  0.000000362421 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 
451 aa  263  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0516  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.94 
 
 
468 aa  261  1e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000971097  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
448 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  42.41 
 
 
473 aa  254  3e-66  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.26 
 
 
463 aa  254  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2618  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
453 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.25 
 
 
449 aa  252  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50.2 
 
 
445 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  42.59 
 
 
444 aa  250  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.88 
 
 
458 aa  250  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
464 aa  249  7e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  49.8 
 
 
445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  49.8 
 
 
445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  49.8 
 
 
445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  42.27 
 
 
444 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  40.91 
 
 
451 aa  249  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  42.27 
 
 
444 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  42.27 
 
 
444 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  49.39 
 
 
445 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.79 
 
 
466 aa  248  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  41.64 
 
 
448 aa  248  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.53 
 
 
455 aa  248  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.96 
 
 
453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.69 
 
 
496 aa  246  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2771  two component Fis family transcriptional regulator  43.96 
 
 
449 aa  245  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.195731 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1063  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.1 
 
 
471 aa  245  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49 
 
 
445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1577  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.45 
 
 
399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.64 
 
 
445 aa  245  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  49 
 
 
445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  49 
 
 
445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  41.49 
 
 
448 aa  244  3e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  41.28 
 
 
445 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  40.29 
 
 
491 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  43.4 
 
 
446 aa  243  5e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.67 
 
 
454 aa  243  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
464 aa  243  7e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2826  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.41 
 
 
461 aa  242  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.244879  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1388  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.51 
 
 
463 aa  242  9e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0597975 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 
457 aa  242  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
460 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0911  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 
456 aa  242  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 
456 aa  242  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.64 
 
 
452 aa  242  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2184  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.81 
 
 
497 aa  242  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.682977  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2731  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.31 
 
 
505 aa  242  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.487615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  42.52 
 
 
446 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2494  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
452 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1956  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.84 
 
 
486 aa  241  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.696783  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.59 
 
 
445 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1655  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.53 
 
 
462 aa  240  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000025661  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5187  two-component response regulator PilR  41.78 
 
 
445 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.53 
 
 
466 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.09 
 
 
456 aa  239  6.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0704  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.88 
 
 
453 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  40.36 
 
 
542 aa  239  6.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.79 
 
 
445 aa  239  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
467 aa  239  9e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.28 
 
 
483 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1253  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.12 
 
 
320 aa  239  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.171362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4272  sigma-54 dependent response regulator  45.3 
 
 
457 aa  239  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
454 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
467 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
467 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  42.36 
 
 
522 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
458 aa  239  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
484 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  40.58 
 
 
481 aa  238  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.23 
 
 
445 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.28 
 
 
483 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2764  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.88 
 
 
466 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.93 
 
 
461 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.79 
 
 
445 aa  238  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  39.26 
 
 
459 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
445 aa  238  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.992832  normal  0.337936 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0717  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.73 
 
 
466 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.51 
 
 
524 aa  237  3e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  44.37 
 
 
596 aa  237  3e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6863  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.6 
 
 
497 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339055  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.73 
 
 
581 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4013  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.41 
 
 
467 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0316661  normal  0.37664 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1854  response regulator receiver protein  41.61 
 
 
445 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.654411  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2955  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, putative  42.06 
 
 
457 aa  236  7e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
457 aa  236  7e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0491002  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3379  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.07 
 
 
352 aa  236  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.270245 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.31 
 
 
449 aa  236  7e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0676  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
321 aa  236  8e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.498278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>