More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_60600 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3805  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  68.3 
 
 		 532 aa  733    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.590867  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03273  sigma 54-dependent transcriptional regulator of rtcBA expression  68.63 
 
 		 532 aa  729    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.385155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0292  Sigma 54 interacting domain protein  68.49 
 
 		 532 aa  734    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3703  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  68.11 
 
 		 532 aa  728    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.973563  normal  0.184346 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3892  transcriptional regulator RtcR  69.58 
 
 		 527 aa  734    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.246369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0403  Sigma 54 interacting domain protein  66.23 
 
 		 527 aa  717    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1196  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  83.9 
 
 		 533 aa  901    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.330253  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0222  sigma-54 interacting transcription regulator protein  72.98 
 
 		 535 aa  767    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0011  Sigma 54 interacting domain protein  66.79 
 
 		 529 aa  722    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4423  Sigma 54 interacting domain protein  64.38 
 
 		 537 aa  660    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1944  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  82.42 
 
 		 533 aa  872    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0486  Sigma 54 interacting domain protein  66.6 
 
 		 525 aa  719    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2838  sigma 54 interactive regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.76 
 
 		 530 aa  649    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2415  Sigma54-dependent transcriptional regulator RtcR  70.47 
 
 		 567 aa  758    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.855599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3827  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  69.79 
 
 		 544 aa  724    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3589  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.22 
 
 		 538 aa  761    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1470  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  61.01 
 
 		 531 aa  650    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1274  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  62.52 
 
 		 566 aa  646    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.48322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03225  hypothetical protein  68.63 
 
 		 532 aa  729    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.39424  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0292  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  68.63 
 
 		 532 aa  729    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4669  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.47 
 
 		 604 aa  764    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.186968  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3723  transcriptional regulatory protein RtcR  69.77 
 
 		 527 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3619  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  68.63 
 
 		 530 aa  726    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5434  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.22 
 
 		 538 aa  761    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4731  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  67.92 
 
 		 532 aa  729    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60600  transcriptional regulator RtcR  100 
 
 		 531 aa  1062    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3694  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  70.47 
 
 		 538 aa  762    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3899  sigma-54 dependent transcriptional regulator RtcR  68.3 
 
 		 532 aa  728    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0497  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  64.3 
 
 		 531 aa  668    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0675  regulator of RNA terminal phosphate cyclase  63.96 
 
 		 535 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5221  transcriptional regulator RtcR  98.12 
 
 		 532 aa  1043    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0234  Sigma 54 interacting domain protein  57.02 
 
 		 576 aa  600  1e-170  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.54 
 
 		 512 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 451 aa  172  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.45 
 
 		 491 aa  171  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  39 
 
 		 445 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  39 
 
 		 445 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  39 
 
 		 445 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  39 
 
 		 445 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2804  transcriptional regulatory protein ZraR  39 
 
 		 445 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  36.48 
 
 		 444 aa  169  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  36.48 
 
 		 444 aa  169  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  36.48 
 
 		 444 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 458 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 458 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0975  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.31 
 
 		 457 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 458 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.86 
 
 		 445 aa  166  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.59 
 
 		 458 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01723  two-component system response regulator  33.53 
 
 		 446 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.25 
 
 		 466 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0041  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 445 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161462 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 455 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1152  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.64 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  35.64 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  38.73 
 
 		 547 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3651  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 445 aa  164  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.992832  normal  0.337936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.86 
 
 		 449 aa  164  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  41.2 
 
 		 452 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 462 aa  163  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 458 aa  163  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.92 
 
 		 456 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.67 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 466 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1545  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.04 
 
 		 478 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.224359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.03 
 
 		 560 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1178  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  39.65 
 
 		 476 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.128376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2025  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 500 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.423552  hitchhiker  0.000000362421 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.63 
 
 		 476 aa  161  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 449 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  40.52 
 
 		 525 aa  161  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  36.63 
 
 		 550 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3269  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 467 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.68 
 
 		 455 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1034  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.15 
 
 		 449 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.28 
 
 		 445 aa  160  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.55 
 
 		 772 aa  160  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.67 
 
 		 461 aa  160  7e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3203  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 		 493 aa  160  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  41.56 
 
 		 572 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.28 
 
 		 538 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  39.43 
 
 		 470 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1257  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.69 
 
 		 503 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.110832  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.28 
 
 		 534 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0673  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.96 
 
 		 474 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 461 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0675  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 579 aa  159  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.775979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.51 
 
 		 455 aa  159  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.27 
 
 		 501 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3751  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.98 
 
 		 441 aa  159  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 459 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0244  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.92 
 
 		 578 aa  159  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>