More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2074 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5556  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.6 
 
 
760 aa  867    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2259  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.4 
 
 
763 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.908034  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
772 aa  1554    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  85.23 
 
 
772 aa  1298    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.37 
 
 
554 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.05 
 
 
454 aa  257  5e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.37 
 
 
554 aa  257  6e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
465 aa  256  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
458 aa  256  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.34 
 
 
552 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.04 
 
 
464 aa  254  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
451 aa  253  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44 
 
 
479 aa  250  6e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
465 aa  250  8e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.3 
 
 
457 aa  250  8e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.83 
 
 
461 aa  249  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
453 aa  249  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.67 
 
 
455 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 
457 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  41.23 
 
 
471 aa  244  3e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
457 aa  245  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
455 aa  245  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3647  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.63 
 
 
451 aa  245  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
466 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0475  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.72 
 
 
453 aa  244  3.9999999999999997e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.318452  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0823  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.2 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0839  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.2 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.74 
 
 
543 aa  243  7.999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3194  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.2 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.2 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02702  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.2 
 
 
592 aa  243  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0371  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.89 
 
 
470 aa  243  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.160254  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.08 
 
 
460 aa  243  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.27 
 
 
458 aa  243  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.81 
 
 
465 aa  243  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
549 aa  243  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2959  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.52 
 
 
513 aa  243  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02664  hypothetical protein  42.2 
 
 
592 aa  243  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1778  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
466 aa  243  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.557659  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.74 
 
 
459 aa  243  1e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.95 
 
 
482 aa  243  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  41.23 
 
 
471 aa  242  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
461 aa  242  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0659  Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
476 aa  242  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.69 
 
 
473 aa  242  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.07 
 
 
469 aa  242  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1275  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
472 aa  242  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0891685  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4159  sigma-54 dependent transcriptional regulator, Fis family  41.9 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.778459 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5854  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.94 
 
 
466 aa  242  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3002  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.9 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.47 
 
 
491 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.17 
 
 
544 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.76 
 
 
460 aa  241  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3764  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.59 
 
 
471 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.01 
 
 
466 aa  241  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.74 
 
 
544 aa  241  4e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
451 aa  241  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.1 
 
 
575 aa  241  4e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0050  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  41.67 
 
 
478 aa  241  5e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
463 aa  241  5e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4472  nitrogen regulation protein NR(I)  41.72 
 
 
471 aa  241  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4907  putative response regulator in two-component reguatory system, sigma54 dependent transcriptional regulator  42.68 
 
 
452 aa  241  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  41.08 
 
 
494 aa  241  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  41.08 
 
 
494 aa  241  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03166  hypothetical protein  38.46 
 
 
488 aa  241  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0257  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  43.08 
 
 
471 aa  241  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519324 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.76 
 
 
461 aa  241  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.64 
 
 
477 aa  240  5.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  40 
 
 
491 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.27 
 
 
452 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.99 
 
 
468 aa  240  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
491 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.99 
 
 
466 aa  240  5.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00584  response regulator  42.07 
 
 
467 aa  240  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
515 aa  240  6.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
491 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.94 
 
 
491 aa  240  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.13 
 
 
452 aa  240  8e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2450  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  42.38 
 
 
462 aa  240  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000104491  normal  0.63173 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0282  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  42.64 
 
 
471 aa  240  8e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.675957  hitchhiker  0.000000421571 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  41.61 
 
 
616 aa  240  8e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1102  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.65 
 
 
399 aa  239  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02227  sigma-54 interacting transcription regulator protein  44.04 
 
 
384 aa  239  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  41.23 
 
 
616 aa  239  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  40 
 
 
491 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.05 
 
 
459 aa  239  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
487 aa  239  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.76 
 
 
461 aa  239  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.76 
 
 
461 aa  239  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  39.63 
 
 
481 aa  239  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2499  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
448 aa  239  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0553938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.76 
 
 
461 aa  239  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
459 aa  239  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  41.46 
 
 
491 aa  239  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
457 aa  239  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2412  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.34 
 
 
448 aa  239  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.408341  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 
467 aa  239  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4155  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.13 
 
 
455 aa  239  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.76 
 
 
461 aa  239  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.46 
 
 
353 aa  239  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>