More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5612 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  85.23 
 
 
772 aa  1314    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.150901 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2259  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.31 
 
 
763 aa  640    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.908034  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5556  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.06 
 
 
760 aa  843    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5612  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
772 aa  1552    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.48 
 
 
554 aa  258  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.48 
 
 
554 aa  257  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
454 aa  256  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 
458 aa  253  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.13 
 
 
552 aa  253  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.03 
 
 
457 aa  251  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
465 aa  250  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.51 
 
 
461 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.44 
 
 
464 aa  248  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.63 
 
 
469 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5854  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
466 aa  246  9.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
465 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1275  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
472 aa  246  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0891685  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
457 aa  245  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
457 aa  245  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.45 
 
 
467 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.77 
 
 
453 aa  244  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.21 
 
 
458 aa  244  5e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.81 
 
 
468 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.99 
 
 
455 aa  243  7.999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.82 
 
 
451 aa  243  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.81 
 
 
469 aa  243  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02702  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0823  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.39 
 
 
440 aa  242  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0839  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3194  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.94 
 
 
466 aa  242  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02664  hypothetical protein  41.28 
 
 
592 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2772  putative acetoin operon transcriptional activator  40.3 
 
 
616 aa  242  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4159  sigma-54 dependent transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 
592 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.778459 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2495  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.43 
 
 
616 aa  241  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.292908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3002  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.98 
 
 
592 aa  241  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.95 
 
 
459 aa  241  4e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2815  putative acetoin operon transcriptional activator  39.81 
 
 
616 aa  241  4e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.183654  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2794  acetoin operon transcriptional activator, putative  39.81 
 
 
616 aa  241  5e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000141006  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.46 
 
 
544 aa  240  8e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.31 
 
 
459 aa  239  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
454 aa  239  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.58 
 
 
575 aa  239  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2085  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
453 aa  239  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 
457 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2574  acetoin operon transcriptional activator  40.82 
 
 
616 aa  239  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.500823  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  43.37 
 
 
492 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2761  acetoin operon transcriptional activator  40.82 
 
 
616 aa  239  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.822061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.73 
 
 
474 aa  239  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.13 
 
 
477 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.15 
 
 
479 aa  238  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2768  putative acetoin operon transcriptional activator  40.82 
 
 
616 aa  238  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00807774 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.63 
 
 
608 aa  238  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2563  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.06 
 
 
616 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.067017  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2849  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.96 
 
 
469 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2530  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.82 
 
 
616 aa  237  6e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000702364  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1778  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.51 
 
 
466 aa  237  6e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.557659  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1102  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.77 
 
 
399 aa  237  7e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0659  Fis family transcriptional regulator  42.04 
 
 
476 aa  237  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 
460 aa  237  7e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.36 
 
 
460 aa  236  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
466 aa  236  8e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.45 
 
 
461 aa  236  8e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.74 
 
 
544 aa  236  9e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  39.63 
 
 
481 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  39.88 
 
 
549 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.08 
 
 
460 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  41.46 
 
 
491 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.99 
 
 
608 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.99 
 
 
608 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.45 
 
 
461 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.45 
 
 
461 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0125  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.13 
 
 
477 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.261206  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4093  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.69 
 
 
457 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.45 
 
 
461 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3721  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.05 
 
 
501 aa  236  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.45 
 
 
461 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.53 
 
 
462 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  48.39 
 
 
566 aa  236  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.26 
 
 
566 aa  235  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  39.88 
 
 
471 aa  235  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.63 
 
 
470 aa  234  3e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.51 
 
 
461 aa  235  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.36 
 
 
469 aa  234  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.67 
 
 
560 aa  235  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.18 
 
 
442 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1886  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.81 
 
 
461 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.81 
 
 
457 aa  234  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.3 
 
 
515 aa  234  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0302  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.82 
 
 
353 aa  234  6e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2450  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  42.41 
 
 
462 aa  234  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000104491  normal  0.63173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
476 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.666768  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2674  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.1 
 
 
469 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  40.18 
 
 
471 aa  233  9e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.13 
 
 
461 aa  233  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0984  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.69 
 
 
455 aa  233  9e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4718  sigma-54 dependent response regulator  43.41 
 
 
460 aa  233  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.79 
 
 
439 aa  233  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>